117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4622 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 411 aa  837    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.96 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  43.23 
 
 		 453 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.89 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  29.38 
 
 		 405 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  39.32 
 
 		 428 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  37 
 
 		 404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  37.79 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  32.6 
 
 		 415 aa  116  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  28.73 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  28.65 
 
 		 419 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.75 
 
 		 413 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.16 
 
 		 562 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.58 
 
 		 388 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.94 
 
 		 427 aa  93.6  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  35.53 
 
 		 775 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.22 
 
 		 417 aa  91.3  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  29.78 
 
 		 402 aa  90.1  7e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  24.08 
 
 		 416 aa  89.4  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 429 aa  84.7  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 		 399 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.68 
 
 		 435 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.93 
 
 		 423 aa  73.2  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 425 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.04 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  46.58 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  21.8 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  22.09 
 
 		 453 aa  67  0.0000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  19.51 
 
 		 438 aa  67.4  0.0000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  43.37 
 
 		 393 aa  66.6  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.86 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.72 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  21.9 
 
 		 401 aa  63.2  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 420 aa  62.8  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  27.93 
 
 		 436 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28 
 
 		 238 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  25.57 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  30.63 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.79 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  22.02 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2366  N-6 DNA methylase  26.25 
 
 		 600 aa  58.9  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.192506 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  19.78 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  19.9 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  21.74 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.1 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  28.07 
 
 		 1362 aa  56.6  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 413 aa  56.2  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  25.65 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.9 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.61 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  21.43 
 
 		 423 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.47 
 
 		 419 aa  54.7  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  21.85 
 
 		 383 aa  55.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  25.64 
 
 		 629 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 		 556 aa  54.3  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 473 aa  53.9  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 406 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0211  N-6 DNA methylase  33.83 
 
 		 712 aa  53.1  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 429 aa  53.1  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 		 461 aa  53.1  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  21.82 
 
 		 427 aa  53.1  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 374 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.15 
 
 		 425 aa  52.4  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.74 
 
 		 419 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.74 
 
 		 419 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 392 aa  52.4  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.74 
 
 		 432 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  22.19 
 
 		 435 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  19.83 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  34.88 
 
 		 495 aa  50.8  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  22.99 
 
 		 395 aa  51.2  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 413 aa  50.4  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 434 aa  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0973  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.83 
 
 		 228 aa  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.579133 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  23.72 
 
 		 411 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  23.72 
 
 		 411 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.05 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.84 
 
 		 390 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.39 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1886  hypothetical protein  27.81 
 
 		 192 aa  47.8  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0912016  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.5 
 
 		 409 aa  47.8  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.14 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 730 aa  47.4  0.0005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  23.26 
 
 		 474 aa  47  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  24.85 
 
 		 236 aa  47  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0412  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 588 aa  46.6  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.285143  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.44 
 
 		 401 aa  46.6  0.0009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  18.75 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>