77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3810 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 280 aa  540  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  39.75 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  40.86 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  39.43 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.31 
 
 		 269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  38.33 
 
 		 278 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  40.81 
 
 		 275 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  35.47 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  35.9 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  39.76 
 
 		 269 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  37.45 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  35.47 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.71 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  38.11 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  35.85 
 
 		 271 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  34.72 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  40.08 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  34.44 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  34.02 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.1 
 
 		 266 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  37.69 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  35.8 
 
 		 287 aa  122  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.33 
 
 		 274 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  38.65 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  34.96 
 
 		 278 aa  102  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  31.42 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  31.02 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  36.21 
 
 		 279 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  35.61 
 
 		 283 aa  92  9e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  37.74 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  31.73 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  39.26 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  32.44 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.19 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  29.13 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  30.46 
 
 		 629 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  32.03 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.32 
 
 		 633 aa  61.2  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.66 
 
 		 631 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.53 
 
 		 630 aa  59.3  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.42 
 
 		 631 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.81 
 
 		 634 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 627 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.06 
 
 		 626 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  30.83 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  30.08 
 
 		 635 aa  55.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.52 
 
 		 615 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.28 
 
 		 637 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  33.61 
 
 		 634 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  30 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.45 
 
 		 628 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.82 
 
 		 632 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.45 
 
 		 628 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.5 
 
 		 615 aa  53.5  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.07 
 
 		 635 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  32.91 
 
 		 280 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  28.67 
 
 		 293 aa  52.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 645 aa  51.6  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.67 
 
 		 604 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 		 632 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.89 
 
 		 635 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 		 638 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.89 
 
 		 635 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.89 
 
 		 635 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.78 
 
 		 633 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 		 313 aa  48.9  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  23.86 
 
 		 617 aa  48.9  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.87 
 
 		 624 aa  46.6  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.93 
 
 		 280 aa  46.6  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.08 
 
 		 313 aa  46.2  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  28.29 
 
 		 477 aa  45.4  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 		 623 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  23.58 
 
 		 635 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.36 
 
 		 630 aa  44.3  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.89 
 
 		 635 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>