116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3247 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3247  response regulator receiver protein  100 
 
 
163 aa  319  8e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00187591  hitchhiker  0.0000878109 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1371  response regulator receiver protein  61.67 
 
 
136 aa  160  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10660  hypothetical protein  57.38 
 
 
136 aa  149  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1805  response regulator receiver protein  40.88 
 
 
168 aa  119  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1023  putative response regulator  45.08 
 
 
143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.130012  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3113  response regulator receiver protein  43.31 
 
 
142 aa  118  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.630286  normal  0.351657 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0965  response regulator receiver protein  44.7 
 
 
135 aa  118  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.206702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2678  response regulator receiver protein  45.74 
 
 
138 aa  116  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.858838 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3339  putative two-component system response regulator  46.34 
 
 
138 aa  114  8.999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3136  response regulator receiver protein  43.41 
 
 
146 aa  112  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1297  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
131 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3297  hypothetical protein  45 
 
 
131 aa  108  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.257585  normal  0.158078 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3529  response regulator receiver protein  44.17 
 
 
131 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000118426 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3064  response regulator receiver protein  44.8 
 
 
132 aa  107  7.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0048778  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3132  hypothetical protein  42.62 
 
 
139 aa  106  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4121  response regulator receiver protein  37.6 
 
 
131 aa  101  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1886  response regulator receiver protein  41.67 
 
 
139 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.734849 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1674  response regulator receiver protein  41.09 
 
 
140 aa  99  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1581  response regulator receiver protein  39.17 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.996802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1605  response regulator receiver protein  39.17 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1551  response regulator receiver protein  39.17 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0910049  normal  0.450079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4480  response regulator receiver protein  40 
 
 
136 aa  98.6  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00179886 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13164  response regulator  39.17 
 
 
133 aa  97.4  7e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0402  hypothetical protein  37.19 
 
 
135 aa  97.4  7e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1893  response regulator receiver protein  40.29 
 
 
151 aa  94  9e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127088  hitchhiker  0.00000556231 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3167  response regulator receiver protein  38.74 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2007  response regulator receiver protein  36.5 
 
 
139 aa  85.9  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.270937  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2074  response regulator receiver protein  36.3 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15720  hypothetical protein  33.8 
 
 
146 aa  76.3  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415712  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1445  response regulator receiver protein  33.88 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0798092  normal  0.329727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 
246 aa  50.8  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4049  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 
229 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3661  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 
226 aa  48.5  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.394742  normal  0.594777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  30.47 
 
 
270 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1777  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 
226 aa  47.8  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0722021  normal  0.591414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  30.23 
 
 
249 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.38 
 
 
1333 aa  47  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3596  two component transcriptional regulator  26.36 
 
 
230 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  31.19 
 
 
242 aa  46.2  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  26.74 
 
 
232 aa  45.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4483  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 
226 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.759432  decreased coverage  0.000734691 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 
226 aa  45.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.83 
 
 
235 aa  45.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1666  two component transcriptional regulator  33.07 
 
 
230 aa  45.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.35 
 
 
230 aa  45.1  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  31.97 
 
 
241 aa  44.7  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2131  response regulator receiver  34.04 
 
 
223 aa  44.3  0.0008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0035  two component transcriptional regulator  32.35 
 
 
236 aa  44.3  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475833  normal  0.306601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 
223 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  28.42 
 
 
232 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0908  two component transcriptional regulator  32 
 
 
395 aa  43.9  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446668  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  34.02 
 
 
248 aa  43.5  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 
227 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.95 
 
 
224 aa  43.5  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00974604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3881  winged helix family two component transcriptional regulator  30.26 
 
 
237 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144601  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  33.71 
 
 
227 aa  43.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  32.58 
 
 
255 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  27.38 
 
 
234 aa  43.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  27.38 
 
 
234 aa  43.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  23.48 
 
 
236 aa  42.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 
225 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.15 
 
 
233 aa  42.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  30.34 
 
 
238 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  30.19 
 
 
230 aa  42  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  30.68 
 
 
227 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.67 
 
 
230 aa  42.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  37.21 
 
 
220 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 
231 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.67 
 
 
227 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 
227 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 
259 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 
279 aa  42.4  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2671  two component transcriptional regulator  37.35 
 
 
240 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.404243  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3825  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 
255 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.862228 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  36.59 
 
 
220 aa  42  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2373  two component transcriptional regulator  27.27 
 
 
231 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0367191  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 
244 aa  42  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1016  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.98 
 
 
243 aa  41.6  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 
232 aa  41.6  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  31.87 
 
 
227 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.13 
 
 
234 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  28 
 
 
227 aa  41.2  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  26.06 
 
 
238 aa  41.6  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.69 
 
 
235 aa  41.6  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 
227 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  31.52 
 
 
240 aa  41.2  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  37.21 
 
 
220 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0381  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 
233 aa  41.2  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.17 
 
 
233 aa  41.2  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5320  winged helix family two component transcriptional regulator  25.55 
 
 
242 aa  41.2  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  26.28 
 
 
229 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.03 
 
 
239 aa  40.8  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>