More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2858 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 215 aa  432  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  64.36 
 
 		 233 aa  248  7e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 222 aa  243  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  60.87 
 
 		 210 aa  236  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 222 aa  234  6e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 197 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 		 227 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 197 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  48.66 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.11 
 
 		 201 aa  184  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  48.13 
 
 		 218 aa  184  8e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  48.11 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 213 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 200 aa  173  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  48.92 
 
 		 215 aa  171  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  42.78 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  46.2 
 
 		 212 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  41.95 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 201 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  42.78 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  42.78 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 198 aa  152  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 224 aa  151  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  38.42 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 182 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 187 aa  111  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 187 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  37.72 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  37.72 
 
 		 173 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  36.53 
 
 		 173 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  37.13 
 
 		 173 aa  104  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  36.53 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.35 
 
 		 196 aa  91.7  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 196 aa  90.5  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 198 aa  87.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 188 aa  84.7  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.71 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 199 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 199 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  32.82 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 193 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.28 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.9 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  24.4 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 186 aa  67.8  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  31.29 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  26.23 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 186 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  26.92 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  25.81 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  26.54 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  31.61 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>