More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2807 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
485 aa  954    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  67.08 
 
 
480 aa  600  1e-170  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.38 
 
 
469 aa  565  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.38 
 
 
484 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.63 
 
 
507 aa  532  1e-150  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.75 
 
 
479 aa  533  1e-150  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.25 
 
 
507 aa  533  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  58.71 
 
 
469 aa  526  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  58.42 
 
 
483 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.43 
 
 
480 aa  524  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.04 
 
 
475 aa  521  1e-146  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.38 
 
 
473 aa  511  1e-144  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.79 
 
 
486 aa  507  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  55.03 
 
 
526 aa  501  1e-141  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.61 
 
 
529 aa  498  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  57.54 
 
 
480 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.79 
 
 
475 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.26 
 
 
474 aa  466  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  53.47 
 
 
523 aa  464  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  51.67 
 
 
595 aa  440  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.85 
 
 
442 aa  305  1.0000000000000001e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.95 
 
 
504 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.26 
 
 
440 aa  289  6e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.17 
 
 
447 aa  289  8e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  38.67 
 
 
432 aa  287  4e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.83 
 
 
436 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  36.34 
 
 
445 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  37.34 
 
 
472 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.76 
 
 
440 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.4 
 
 
445 aa  280  6e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38 
 
 
472 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.62 
 
 
446 aa  278  1e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  34.17 
 
 
445 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.48 
 
 
448 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.51 
 
 
470 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  36.27 
 
 
466 aa  276  6e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.74 
 
 
435 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.46 
 
 
449 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.27 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.83 
 
 
453 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.36 
 
 
444 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.21 
 
 
446 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.58 
 
 
472 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.59 
 
 
436 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  37.39 
 
 
458 aa  273  6e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.66 
 
 
448 aa  272  8.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.58 
 
 
472 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.58 
 
 
472 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.91 
 
 
430 aa  271  1e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.45 
 
 
469 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.76 
 
 
444 aa  271  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.37 
 
 
472 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.66 
 
 
469 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  38.45 
 
 
483 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  33.12 
 
 
435 aa  271  2e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.84 
 
 
487 aa  271  2.9999999999999997e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.91 
 
 
430 aa  270  5e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.32 
 
 
450 aa  269  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.51 
 
 
438 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  34.48 
 
 
462 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.97 
 
 
450 aa  268  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.24 
 
 
476 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.24 
 
 
476 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.92 
 
 
480 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.95 
 
 
493 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.53 
 
 
440 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  37.55 
 
 
450 aa  266  5e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  32.55 
 
 
471 aa  266  5.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.99 
 
 
456 aa  266  8e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.62 
 
 
441 aa  266  8e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  33.55 
 
 
440 aa  264  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  35.39 
 
 
452 aa  263  6.999999999999999e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.53 
 
 
481 aa  262  8e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.76 
 
 
442 aa  262  8e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  33.77 
 
 
440 aa  262  8e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.96 
 
 
437 aa  262  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.69 
 
 
482 aa  261  2e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.08 
 
 
470 aa  260  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  34.77 
 
 
477 aa  259  7e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  32.4 
 
 
454 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.28 
 
 
430 aa  258  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.63 
 
 
433 aa  258  2e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.84 
 
 
454 aa  258  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.67 
 
 
441 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.83 
 
 
486 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  31.7 
 
 
454 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
441 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.67 
 
 
441 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.67 
 
 
441 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.67 
 
 
441 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.67 
 
 
441 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.89 
 
 
437 aa  257  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>