227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2555 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2555  permease  100 
 
 
349 aa  685    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  56.41 
 
 
315 aa  359  4e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  55.27 
 
 
315 aa  347  1e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  55.59 
 
 
315 aa  344  1e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  50.59 
 
 
354 aa  343  2e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  56.19 
 
 
324 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  52.45 
 
 
352 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  54.79 
 
 
351 aa  341  1e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  52.4 
 
 
349 aa  338  9.999999999999999e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  52.06 
 
 
345 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  50.64 
 
 
323 aa  333  2e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  55.91 
 
 
315 aa  333  3e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  48.6 
 
 
356 aa  332  7.000000000000001e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  55.12 
 
 
348 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  56.23 
 
 
315 aa  326  3e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  52.1 
 
 
330 aa  325  7e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  52.56 
 
 
364 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  49.24 
 
 
367 aa  323  3e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  53.96 
 
 
351 aa  323  3e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  48.41 
 
 
353 aa  322  5e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  50.44 
 
 
348 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  53.29 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  51.31 
 
 
352 aa  320  3e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  53.62 
 
 
354 aa  318  7.999999999999999e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  53.82 
 
 
317 aa  317  1e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  51.48 
 
 
350 aa  316  4e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  49.53 
 
 
318 aa  316  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  49.84 
 
 
344 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  55.77 
 
 
315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  49.57 
 
 
366 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  51.41 
 
 
370 aa  312  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  51.02 
 
 
350 aa  311  7.999999999999999e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  54.31 
 
 
377 aa  311  1e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  51.29 
 
 
353 aa  311  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  51.94 
 
 
366 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  48.39 
 
 
319 aa  309  4e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  52.22 
 
 
351 aa  309  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  54.27 
 
 
352 aa  308  9e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  50.16 
 
 
341 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  54.18 
 
 
353 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  51.97 
 
 
350 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  52.98 
 
 
351 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  50.44 
 
 
362 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  50.65 
 
 
381 aa  301  9e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  49.35 
 
 
363 aa  301  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  46.03 
 
 
323 aa  298  1e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  44.76 
 
 
323 aa  294  2e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  46.27 
 
 
353 aa  290  2e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  48.63 
 
 
319 aa  290  3e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  45.28 
 
 
331 aa  290  3e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  47 
 
 
321 aa  290  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  46.58 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  44.17 
 
 
334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  53.14 
 
 
349 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  44.2 
 
 
337 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  43.45 
 
 
319 aa  268  7e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  46.67 
 
 
332 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  46.39 
 
 
318 aa  265  7e-70  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  42.94 
 
 
337 aa  265  7e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  47.81 
 
 
318 aa  265  8.999999999999999e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  41.27 
 
 
331 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  47.5 
 
 
318 aa  265  1e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  40.95 
 
 
331 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  40.95 
 
 
331 aa  263  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  40.63 
 
 
331 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  38.61 
 
 
335 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  44.06 
 
 
337 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  40.32 
 
 
331 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  38.29 
 
 
330 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  40.82 
 
 
332 aa  260  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  40.63 
 
 
331 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  41.32 
 
 
332 aa  259  4e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  41.32 
 
 
332 aa  259  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  40.32 
 
 
331 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  44.97 
 
 
337 aa  257  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  39.06 
 
 
336 aa  252  6e-66  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  39.56 
 
 
337 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  40.4 
 
 
338 aa  247  2e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  38.89 
 
 
336 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  39.31 
 
 
328 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  36.62 
 
 
338 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  41.06 
 
 
338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  39.57 
 
 
284 aa  230  3e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  37.95 
 
 
316 aa  229  7e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  38.91 
 
 
371 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  38.08 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  38.23 
 
 
332 aa  211  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  38.08 
 
 
318 aa  190  4e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  37.07 
 
 
308 aa  189  7e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  38.12 
 
 
318 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  34.74 
 
 
316 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  34.12 
 
 
304 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  32.23 
 
 
345 aa  176  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  33.22 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  34.68 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  30.34 
 
 
356 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  31.7 
 
 
345 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  31.7 
 
 
345 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  33.98 
 
 
307 aa  172  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  32.13 
 
 
332 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>