238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1536 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 292 aa  589  1e-167  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  40.56 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  38.89 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  38.81 
 
 		 295 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.63 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  36.27 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.57 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.93 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.11 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.76 
 
 		 282 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.64 
 
 		 282 aa  152  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.1 
 
 		 281 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  35.02 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.45 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.99 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.07 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.64 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.21 
 
 		 288 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.59 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.79 
 
 		 283 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.63 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.76 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  31.42 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.27 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.79 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  33.77 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  30.68 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 275 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.21 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  30.08 
 
 		 270 aa  99  9e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.33 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  30 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  29.44 
 
 		 262 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.15 
 
 		 274 aa  89.4  7e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  29.57 
 
 		 262 aa  89  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 		 262 aa  89  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  29.57 
 
 		 262 aa  89  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  29.57 
 
 		 262 aa  89  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  29.57 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  31.09 
 
 		 262 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  30.48 
 
 		 262 aa  85.9  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  31.16 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.11 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  36.67 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  29.39 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.11 
 
 		 270 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.56 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  30.2 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  34.38 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  30.13 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  30.13 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  32.7 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  36.79 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  32.23 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  30.74 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.4 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  30.74 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  30.2 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  29.1 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.18 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  28.35 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  30.46 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.14 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  33.96 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  32.76 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  32.76 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  29.36 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  31.53 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.17 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  27.93 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  26.32 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  26.89 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  28.99 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  31.97 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  31.01 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 287 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  29.59 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  26.48 
 
 		 261 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  31.53 
 
 		 255 aa  57  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  29.59 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  29.71 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  32.73 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  30.17 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  27.46 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>