136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1103 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 400 aa  826    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  34.71 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  32.09 
 
 		 447 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  32.77 
 
 		 419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  29.22 
 
 		 440 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.77 
 
 		 402 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.2 
 
 		 429 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  40.1 
 
 		 471 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.12 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  26.78 
 
 		 549 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  27.85 
 
 		 416 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 		 420 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  31.4 
 
 		 401 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  31.71 
 
 		 211 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 		 412 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  34.03 
 
 		 511 aa  110  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.47 
 
 		 565 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 		 438 aa  106  9e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  22.58 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 429 aa  103  5e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  30.39 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  28.94 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 384 aa  100  5e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.71 
 
 		 385 aa  97.8  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  21.47 
 
 		 453 aa  89.7  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  28.81 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.56 
 
 		 428 aa  89.4  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.17 
 
 		 401 aa  86.7  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.2 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  33.58 
 
 		 387 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 456 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.74 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.46 
 
 		 446 aa  80.1  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  30.32 
 
 		 834 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.57 
 
 		 620 aa  77  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.25 
 
 		 412 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 427 aa  76.6  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  35.34 
 
 		 450 aa  76.3  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  26.7 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.86 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.35 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 430 aa  68.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.64 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.09 
 
 		 415 aa  67  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.57 
 
 		 442 aa  66.6  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 		 400 aa  66.2  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.33 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.1 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  22.5 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  22.61 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  31.43 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  31.62 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  21.53 
 
 		 438 aa  63.2  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 461 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  23.61 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  23.61 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  32 
 
 		 485 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.12 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  26.63 
 
 		 444 aa  60.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  22.35 
 
 		 412 aa  60.1  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  23.18 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.38 
 
 		 477 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.74 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  25.32 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  22.08 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  28.17 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  21.83 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.05 
 
 		 439 aa  57  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 		 439 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  20.4 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 402 aa  57  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.59 
 
 		 458 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  23.58 
 
 		 438 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.75 
 
 		 495 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  25 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  26.74 
 
 		 407 aa  54.3  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.19 
 
 		 425 aa  53.9  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.15 
 
 		 520 aa  53.9  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 400 aa  53.5  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.93 
 
 		 409 aa  53.1  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  21.29 
 
 		 418 aa  53.1  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.33 
 
 		 409 aa  52.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  26.36 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  26.45 
 
 		 597 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 405 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  24.61 
 
 		 412 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2366  N-6 DNA methylase  29.41 
 
 		 600 aa  51.2  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.192506 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  20.86 
 
 		 425 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.87 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 500 aa  50.8  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>