194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1000 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 504 aa  1023    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  60.3 
 
 		 495 aa  601  1.0000000000000001e-171  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  60.3 
 
 		 504 aa  593  1e-168  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  60.08 
 
 		 488 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  58.17 
 
 		 503 aa  560  1e-158  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 490 aa  547  1e-154  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  57.77 
 
 		 505 aa  539  9.999999999999999e-153  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.74 
 
 		 481 aa  538  9.999999999999999e-153  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  54.14 
 
 		 478 aa  540  9.999999999999999e-153  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  55.39 
 
 		 490 aa  533  1e-150  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  53.18 
 
 		 489 aa  503  1e-141  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  52.58 
 
 		 489 aa  499  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  53.92 
 
 		 513 aa  499  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  52.52 
 
 		 488 aa  500  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  54.81 
 
 		 486 aa  495  1e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  50.42 
 
 		 488 aa  480  1e-134  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  26.68 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 		 474 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  26.08 
 
 		 466 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  25.87 
 
 		 468 aa  74.3  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  25.52 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 475 aa  72.4  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  25.24 
 
 		 470 aa  70.9  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  28.53 
 
 		 467 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  25.67 
 
 		 475 aa  68.9  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 482 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 474 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 480 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  27.54 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 		 483 aa  65.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 483 aa  65.1  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  25 
 
 		 472 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  26.07 
 
 		 469 aa  64.3  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  24.46 
 
 		 476 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 463 aa  63.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  24.94 
 
 		 480 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  24.35 
 
 		 480 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  25.27 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 477 aa  60.8  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 470 aa  60.5  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 490 aa  60.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 481 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 483 aa  59.7  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  23.92 
 
 		 482 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  23.06 
 
 		 475 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  23.06 
 
 		 475 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  23.06 
 
 		 475 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 474 aa  58.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  28.24 
 
 		 483 aa  57.4  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 491 aa  57.4  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 470 aa  57  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  23.25 
 
 		 455 aa  57  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 470 aa  57  0.0000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 195 aa  57  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  23.89 
 
 		 475 aa  57  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  24.66 
 
 		 484 aa  57  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 477 aa  56.6  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  25.33 
 
 		 486 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 495 aa  54.7  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  23.79 
 
 		 477 aa  54.3  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 118 aa  54.3  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  23.79 
 
 		 477 aa  53.5  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  45.21 
 
 		 188 aa  52.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  24.2 
 
 		 464 aa  52  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 194 aa  51.6  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 187 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 202 aa  51.2  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 218 aa  51.2  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 474 aa  50.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 491 aa  50.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  34.45 
 
 		 191 aa  51.2  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  27.34 
 
 		 469 aa  50.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  44.3 
 
 		 200 aa  50.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 219 aa  50.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  45.9 
 
 		 201 aa  50.4  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  25.37 
 
 		 474 aa  49.7  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 189 aa  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  44.29 
 
 		 104 aa  49.7  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 192 aa  49.7  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 		 477 aa  49.3  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  34 
 
 		 201 aa  48.9  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  39.6 
 
 		 139 aa  49.3  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  23.85 
 
 		 524 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  31.49 
 
 		 470 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 197 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 210 aa  48.5  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  22.99 
 
 		 466 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2224  helix-turn-helix domain protein  34.87 
 
 		 403 aa  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.163485  hitchhiker  0.00213028 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  47.54 
 
 		 96 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  23.32 
 
 		 471 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 154 aa  48.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 178 aa  48.1  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 209 aa  47.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  29.29 
 
 		 215 aa  48.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 192 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>