More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0594 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 676 aa  1318    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  43.99 
 
 		 687 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  42.71 
 
 		 717 aa  478  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  43.14 
 
 		 689 aa  475  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  42.92 
 
 		 686 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.44 
 
 		 686 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  43.14 
 
 		 700 aa  466  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  43.1 
 
 		 688 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  43.6 
 
 		 702 aa  457  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  42.88 
 
 		 687 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  42.01 
 
 		 720 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 750 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  41.52 
 
 		 689 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  42.64 
 
 		 694 aa  452  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  42.34 
 
 		 745 aa  452  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  40.8 
 
 		 710 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  43.59 
 
 		 712 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  41.41 
 
 		 685 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  42.23 
 
 		 708 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  37.85 
 
 		 754 aa  443  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  43.27 
 
 		 702 aa  445  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  43.51 
 
 		 725 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  41.88 
 
 		 686 aa  438  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  40.88 
 
 		 716 aa  436  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  40.88 
 
 		 716 aa  436  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  40.66 
 
 		 681 aa  409  1e-113  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  39.63 
 
 		 726 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.63 
 
 		 726 aa  378  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  39.23 
 
 		 745 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  39.47 
 
 		 725 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  37.7 
 
 		 714 aa  372  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  32 
 
 		 742 aa  345  2e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  38.12 
 
 		 719 aa  345  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  37.72 
 
 		 768 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  35.54 
 
 		 669 aa  342  2e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  33 
 
 		 655 aa  340  7e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  31.28 
 
 		 733 aa  337  5e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  35.93 
 
 		 789 aa  320  5e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  33.83 
 
 		 656 aa  319  1e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.66 
 
 		 719 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  33.39 
 
 		 648 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  33.39 
 
 		 648 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  35.49 
 
 		 724 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.16 
 
 		 668 aa  302  1e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 706 aa  300  7e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 		 630 aa  295  1e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  31.2 
 
 		 789 aa  284  3.0000000000000004e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  28.74 
 
 		 749 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  30.73 
 
 		 773 aa  273  9e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  30.31 
 
 		 755 aa  270  8e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  29.59 
 
 		 764 aa  269  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.46 
 
 		 739 aa  266  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  28.01 
 
 		 735 aa  266  1e-69  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.43 
 
 		 729 aa  265  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.85 
 
 		 785 aa  263  1e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  29.59 
 
 		 783 aa  262  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.37 
 
 		 741 aa  261  2e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.23 
 
 		 718 aa  262  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  30.04 
 
 		 765 aa  260  6e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  33.12 
 
 		 736 aa  259  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  32.4 
 
 		 678 aa  258  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.74 
 
 		 755 aa  259  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  29.54 
 
 		 769 aa  259  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  32.68 
 
 		 726 aa  258  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  32.84 
 
 		 707 aa  256  8e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 757 aa  256  1.0000000000000001e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.78 
 
 		 756 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.89 
 
 		 737 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.85 
 
 		 731 aa  254  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.71 
 
 		 742 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 706 aa  253  7e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  32.73 
 
 		 762 aa  253  8.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 		 778 aa  253  9.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  32.23 
 
 		 787 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  32.23 
 
 		 787 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 		 786 aa  251  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  30.15 
 
 		 696 aa  251  4e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  31.85 
 
 		 787 aa  251  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  31.85 
 
 		 787 aa  251  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  31.85 
 
 		 787 aa  251  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  31.85 
 
 		 787 aa  251  5e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  33.71 
 
 		 709 aa  250  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  33.71 
 
 		 709 aa  250  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  31.67 
 
 		 790 aa  250  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.53 
 
 		 739 aa  249  8e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.48 
 
 		 783 aa  249  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  31.71 
 
 		 787 aa  249  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  31.29 
 
 		 721 aa  249  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  32.52 
 
 		 768 aa  248  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 787 aa  249  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 		 783 aa  248  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.95 
 
 		 787 aa  248  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  31.56 
 
 		 787 aa  248  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 		 694 aa  248  3e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.38 
 
 		 725 aa  248  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.26 
 
 		 773 aa  248  4e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 846 aa  247  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 787 aa  247  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 787 aa  247  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.62 
 
 		 667 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>