More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0554 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  61 
 
 		 303 aa  338  5e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 309 aa  300  3e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  54.88 
 
 		 302 aa  296  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  55.63 
 
 		 285 aa  294  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 286 aa  291  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  49.66 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 287 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 287 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  54.76 
 
 		 287 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  50.71 
 
 		 362 aa  268  7e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  48.09 
 
 		 314 aa  266  2e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 326 aa  260  2e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  55.36 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 302 aa  255  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  47.08 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  47.24 
 
 		 304 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  45.92 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  48.16 
 
 		 310 aa  238  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  47.83 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  43.21 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  46.92 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  44.1 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.39 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  47.15 
 
 		 254 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  42.2 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 292 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.07 
 
 		 275 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  40.57 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  41.73 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  44.76 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.71 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.69 
 
 		 316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 312 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  37.64 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  38.52 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  39.71 
 
 		 206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 300 aa  105  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  28.51 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  28.92 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  28.92 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  32.19 
 
 		 223 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 223 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.62 
 
 		 224 aa  95.9  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  30.56 
 
 		 238 aa  95.5  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.73 
 
 		 223 aa  95.5  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  34.11 
 
 		 219 aa  95.5  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  25.96 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.74 
 
 		 223 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 217 aa  93.6  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  34.29 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  35.27 
 
 		 225 aa  89  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.19 
 
 		 543 aa  87.8  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  32.88 
 
 		 225 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  28.42 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 323 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.52 
 
 		 214 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  33.48 
 
 		 230 aa  87  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  28.99 
 
 		 425 aa  87  3e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  30.36 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 350 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 225 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  31.96 
 
 		 225 aa  85.9  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 225 aa  85.9  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  30.49 
 
 		 217 aa  85.9  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 225 aa  85.9  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 560 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 217 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 204 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>