More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0004 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
380 aa  737    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  61.18 
 
 
390 aa  437  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  62.6 
 
 
371 aa  436  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.42 
 
 
414 aa  422  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.64 
 
 
381 aa  416  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  60.61 
 
 
399 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.64 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  58.59 
 
 
390 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  58.13 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  57.6 
 
 
386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  59.89 
 
 
401 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  59.69 
 
 
377 aa  402  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  55.16 
 
 
402 aa  403  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  54.68 
 
 
401 aa  402  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.7 
 
 
391 aa  401  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.27 
 
 
399 aa  400  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  58.13 
 
 
380 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  60.73 
 
 
376 aa  401  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  58.13 
 
 
380 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.58 
 
 
379 aa  395  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.59 
 
 
378 aa  395  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  58.13 
 
 
380 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.19 
 
 
401 aa  391  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  53.52 
 
 
420 aa  391  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  60.43 
 
 
390 aa  388  1e-107  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  58.53 
 
 
377 aa  385  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.5 
 
 
397 aa  385  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.98 
 
 
397 aa  385  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.2 
 
 
398 aa  376  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  53.99 
 
 
385 aa  359  5e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  50.66 
 
 
371 aa  330  2e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.5 
 
 
415 aa  325  9e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.32 
 
 
414 aa  318  1e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.98 
 
 
485 aa  317  3e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.92 
 
 
404 aa  310  2.9999999999999997e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.75 
 
 
457 aa  262  8.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  37.57 
 
 
395 aa  211  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.73 
 
 
375 aa  209  7e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  38.9 
 
 
398 aa  206  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  35.08 
 
 
371 aa  206  4e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 
433 aa  206  7e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  31.09 
 
 
374 aa  199  7e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.79 
 
 
360 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  29.97 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  29.97 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.4 
 
 
365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  29.97 
 
 
375 aa  196  7e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  29.69 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.95 
 
 
369 aa  192  1e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.22 
 
 
376 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.49 
 
 
361 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.49 
 
 
361 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  28.68 
 
 
375 aa  190  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.07 
 
 
370 aa  189  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.33 
 
 
374 aa  190  5e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  36.24 
 
 
365 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  38.32 
 
 
394 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  29.13 
 
 
373 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.11 
 
 
382 aa  187  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.17 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.43 
 
 
371 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.98 
 
 
392 aa  182  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  30.53 
 
 
366 aa  182  9.000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.52 
 
 
365 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.56 
 
 
364 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.01 
 
 
371 aa  179  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.01 
 
 
387 aa  179  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.97 
 
 
372 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.89 
 
 
370 aa  177  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.18 
 
 
386 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.36 
 
 
372 aa  178  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.96 
 
 
384 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  35.4 
 
 
376 aa  177  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.33 
 
 
371 aa  176  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  28.85 
 
 
374 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.45 
 
 
370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.45 
 
 
370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.42 
 
 
373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  28.69 
 
 
374 aa  171  1e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.19 
 
 
362 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  32.78 
 
 
364 aa  167  4e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.74 
 
 
385 aa  167  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  32.42 
 
 
364 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.42 
 
 
364 aa  166  9e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.12 
 
 
370 aa  162  9e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  35.31 
 
 
377 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  27.17 
 
 
359 aa  159  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  29.09 
 
 
370 aa  158  1e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.92 
 
 
374 aa  157  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36.06 
 
 
387 aa  156  5.0000000000000005e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  32.4 
 
 
368 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 
363 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 
358 aa  154  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.37 
 
 
420 aa  153  4e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>