More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0049 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 79 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  92.54 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  98 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0015  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0036  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000395682  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0052  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000156743  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0043  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>