42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0001 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 76 bp  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000503645  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000909207  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0034  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0030  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129776  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  87.72 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0096  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.830071  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0006  tRNA-Cys  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0004  tRNA-Cys  84.48 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0030  tRNA-Cys  84.48 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.606111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>