253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3575 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  58.44 
 
 		 1023 aa  957    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  44.27 
 
 		 1016 aa  664    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  60.07 
 
 		 1002 aa  979    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  59.07 
 
 		 1031 aa  957    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  100 
 
 		 976 aa  2018    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  42.71 
 
 		 1022 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  69.05 
 
 		 997 aa  1181    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  49.03 
 
 		 969 aa  727    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  61.08 
 
 		 990 aa  1031    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  42.24 
 
 		 1023 aa  646    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  42.94 
 
 		 1034 aa  652    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  47.89 
 
 		 991 aa  796    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  44.76 
 
 		 1011 aa  682    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  70.65 
 
 		 999 aa  1220    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  43.44 
 
 		 971 aa  658    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  55.49 
 
 		 983 aa  929    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  42.98 
 
 		 989 aa  624  1e-177  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  40.18 
 
 		 984 aa  605  1.0000000000000001e-171  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  40.91 
 
 		 992 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  42.49 
 
 		 965 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  41.02 
 
 		 1000 aa  582  1.0000000000000001e-165  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  43 
 
 		 1004 aa  578  1.0000000000000001e-163  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  41.45 
 
 		 1009 aa  567  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  38.55 
 
 		 1012 aa  557  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  39.01 
 
 		 1029 aa  554  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  39.83 
 
 		 1007 aa  553  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  39.02 
 
 		 1006 aa  546  1e-154  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  40.29 
 
 		 1022 aa  545  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  40.65 
 
 		 1008 aa  541  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  40.95 
 
 		 985 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  39.4 
 
 		 1027 aa  536  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  40.68 
 
 		 1035 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  37.38 
 
 		 1009 aa  526  1e-148  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  41.24 
 
 		 1052 aa  523  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  37.71 
 
 		 1010 aa  520  1e-146  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  39.07 
 
 		 1039 aa  514  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  42.29 
 
 		 905 aa  501  1e-140  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  40.53 
 
 		 1081 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  40.75 
 
 		 1059 aa  494  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  40.77 
 
 		 1069 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  39.14 
 
 		 1033 aa  482  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  40.61 
 
 		 1060 aa  475  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  37.49 
 
 		 1039 aa  472  1.0000000000000001e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  36.84 
 
 		 1067 aa  470  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  38.81 
 
 		 1102 aa  469  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  37.1 
 
 		 1112 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  37.56 
 
 		 1041 aa  468  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  37.17 
 
 		 1067 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  36.99 
 
 		 1051 aa  466  9.999999999999999e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  37.24 
 
 		 1063 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  39.88 
 
 		 1073 aa  444  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  37.77 
 
 		 1087 aa  443  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  36.02 
 
 		 1085 aa  423  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  35.78 
 
 		 1078 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  35.31 
 
 		 1079 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  36.16 
 
 		 1142 aa  387  1e-106  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  30.24 
 
 		 1035 aa  318  4e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.88 
 
 		 967 aa  135  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  27.12 
 
 		 1289 aa  135  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.88 
 
 		 967 aa  135  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.36 
 
 		 1041 aa  135  5e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.44 
 
 		 1010 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.94 
 
 		 986 aa  129  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.93 
 
 		 1012 aa  128  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.31 
 
 		 1067 aa  126  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  24.3 
 
 		 1040 aa  125  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.59 
 
 		 1046 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.21 
 
 		 1031 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  24.42 
 
 		 1051 aa  122  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.51 
 
 		 1006 aa  121  7.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.52 
 
 		 1029 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.57 
 
 		 1030 aa  120  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.88 
 
 		 1079 aa  118  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 		 1003 aa  118  6e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.8 
 
 		 1028 aa  118  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.73 
 
 		 1074 aa  118  6.9999999999999995e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.52 
 
 		 1042 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.6 
 
 		 1032 aa  115  5e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.29 
 
 		 1032 aa  115  6e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  23.68 
 
 		 1044 aa  115  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  23.66 
 
 		 984 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.53 
 
 		 1053 aa  114  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.27 
 
 		 1046 aa  113  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  22.91 
 
 		 1061 aa  113  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.5 
 
 		 1045 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.88 
 
 		 1023 aa  112  3e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.33 
 
 		 982 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.65 
 
 		 1003 aa  111  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.65 
 
 		 1072 aa  111  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 		 1044 aa  111  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.98 
 
 		 1070 aa  111  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.45 
 
 		 1020 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.29 
 
 		 1026 aa  110  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.62 
 
 		 855 aa  110  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  22.77 
 
 		 1042 aa  109  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.53 
 
 		 1046 aa  108  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.41 
 
 		 1034 aa  108  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  24.01 
 
 		 1061 aa  108  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.67 
 
 		 1020 aa  107  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  25.31 
 
 		 1060 aa  107  9e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>