More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3431 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  68.67 
 
 
500 aa  713    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3431  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
507 aa  1027    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  47.41 
 
 
506 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.21 
 
 
514 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 
566 aa  329  8e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 
539 aa  325  1e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 
544 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 
521 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
543 aa  318  1e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 
512 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 
569 aa  317  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 
512 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  38.58 
 
 
508 aa  313  4.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 
551 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
559 aa  310  4e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  41.26 
 
 
506 aa  310  5.9999999999999995e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.67 
 
 
510 aa  307  3e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 
518 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
510 aa  306  6e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
510 aa  306  6e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
549 aa  306  6e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 
557 aa  306  8.000000000000001e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
510 aa  306  8.000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.67 
 
 
510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.67 
 
 
510 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
565 aa  305  2.0000000000000002e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 
549 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.39 
 
 
563 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.28 
 
 
510 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 
561 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  38.64 
 
 
522 aa  303  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.47 
 
 
582 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.67 
 
 
510 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 
508 aa  303  6.000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 
563 aa  303  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 
582 aa  302  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  42.15 
 
 
505 aa  302  8.000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 
536 aa  302  8.000000000000001e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 
561 aa  302  1e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 
563 aa  302  1e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 
527 aa  301  1e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.54 
 
 
513 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 
563 aa  302  1e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.47 
 
 
561 aa  302  1e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
510 aa  300  3e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 
583 aa  300  4e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 
591 aa  300  4e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.09 
 
 
510 aa  300  5e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.67 
 
 
516 aa  300  5e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 
578 aa  300  5e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 
584 aa  300  6e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  35.31 
 
 
514 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  35.56 
 
 
569 aa  298  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  35.37 
 
 
569 aa  298  2e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.17 
 
 
561 aa  297  2e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 
590 aa  297  3e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.22 
 
 
561 aa  296  6e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 
584 aa  296  7e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 
511 aa  295  9e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 
577 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 
511 aa  295  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 
506 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
561 aa  295  1e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 
511 aa  294  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.76 
 
 
510 aa  294  2e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  40.82 
 
 
499 aa  294  3e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  40.12 
 
 
510 aa  294  3e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.18 
 
 
585 aa  294  3e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
499 aa  293  6e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.31 
 
 
515 aa  292  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  38.15 
 
 
519 aa  292  1e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
511 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
564 aa  291  2e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
520 aa  290  3e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 
506 aa  290  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
584 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
584 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
584 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 
527 aa  290  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 
599 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 
521 aa  288  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 
584 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 
501 aa  287  4e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 
584 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  36.71 
 
 
604 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 
498 aa  286  9e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 
586 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 
506 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 
584 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 
500 aa  284  3.0000000000000004e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
601 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 
557 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 
563 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 
525 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  34.63 
 
 
518 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 
561 aa  282  8.000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.19 
 
 
557 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.23 
 
 
572 aa  282  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.46 
 
 
563 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.22 
 
 
503 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>