288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3222 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
398 aa  781    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  60.33 
 
 
384 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.76 
 
 
385 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  62.37 
 
 
403 aa  401  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  56.84 
 
 
378 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  58.81 
 
 
384 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.95 
 
 
385 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  58.93 
 
 
382 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  55.88 
 
 
378 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  55.23 
 
 
379 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  58.56 
 
 
382 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  56.27 
 
 
379 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  55.23 
 
 
378 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  55.47 
 
 
385 aa  381  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  57.41 
 
 
378 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  54.81 
 
 
379 aa  351  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  50 
 
 
391 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.47 
 
 
374 aa  338  9e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  49.73 
 
 
374 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  48.93 
 
 
374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 
412 aa  323  4e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  49.61 
 
 
409 aa  315  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  47.69 
 
 
387 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  48.67 
 
 
384 aa  305  1.0000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  48.4 
 
 
384 aa  301  9e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.71 
 
 
378 aa  281  2e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.31 
 
 
356 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.69 
 
 
375 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.39 
 
 
375 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.44 
 
 
357 aa  247  3e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.37 
 
 
361 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  42.08 
 
 
357 aa  239  5e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.62 
 
 
369 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.77 
 
 
384 aa  235  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  43.16 
 
 
392 aa  233  6e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  44.32 
 
 
358 aa  232  7.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  42.39 
 
 
363 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  42.93 
 
 
363 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  42.66 
 
 
368 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.49 
 
 
379 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  42.63 
 
 
373 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  28.53 
 
 
372 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  28.02 
 
 
372 aa  166  5e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  29.75 
 
 
365 aa  158  1e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  28.84 
 
 
349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.63 
 
 
369 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.19 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.25 
 
 
377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.82 
 
 
372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.76 
 
 
361 aa  113  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  25.94 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.68 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  23.06 
 
 
374 aa  112  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.69 
 
 
376 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  28.76 
 
 
361 aa  111  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  26.5 
 
 
370 aa  111  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  28.49 
 
 
361 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.23 
 
 
392 aa  109  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  33.42 
 
 
380 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  33.42 
 
 
380 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  33.42 
 
 
380 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  28.49 
 
 
361 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.76 
 
 
381 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  27.47 
 
 
365 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.14 
 
 
365 aa  106  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  27.5 
 
 
365 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  28.49 
 
 
368 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.79 
 
 
359 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.83 
 
 
382 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  25.21 
 
 
338 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  22.77 
 
 
361 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  22.77 
 
 
361 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  24.17 
 
 
364 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  31.53 
 
 
347 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.61 
 
 
359 aa  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.62 
 
 
362 aa  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.64 
 
 
378 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  28.46 
 
 
361 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.61 
 
 
369 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  31.45 
 
 
386 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  28.46 
 
 
361 aa  102  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.59 
 
 
359 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  28.46 
 
 
361 aa  102  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.59 
 
 
369 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.57 
 
 
364 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.53 
 
 
372 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.69 
 
 
397 aa  101  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  29.56 
 
 
402 aa  101  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  24.53 
 
 
375 aa  101  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.81 
 
 
372 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.33 
 
 
369 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  28.33 
 
 
369 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  25.75 
 
 
357 aa  101  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  23.47 
 
 
371 aa  100  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  24.93 
 
 
358 aa  100  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  25.29 
 
 
364 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  24.3 
 
 
377 aa  100  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  22.51 
 
 
370 aa  99.8  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  22.51 
 
 
370 aa  99.8  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  27.95 
 
 
401 aa  99.4  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>