More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3214 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 302 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 311 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  68.58 
 
 		 304 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 307 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  65.89 
 
 		 301 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 305 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 305 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 305 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 305 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 305 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 305 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  56.57 
 
 		 305 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 305 aa  328  6e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 302 aa  315  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  58.59 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 313 aa  305  7e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 307 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 324 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 308 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 335 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 310 aa  231  9e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 295 aa  226  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.55 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 298 aa  222  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.67 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.74 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.99 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.72 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.98 
 
 		 307 aa  211  7.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 289 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  41.81 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  208  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.09 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 289 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 316 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>