More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3160 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 359 aa  734    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  67.99 
 
 		 354 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  68.27 
 
 		 363 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  69.12 
 
 		 378 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  67.23 
 
 		 365 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  65.45 
 
 		 396 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  69.86 
 
 		 373 aa  480  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  64.87 
 
 		 385 aa  468  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  64.87 
 
 		 360 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  63.79 
 
 		 359 aa  464  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  63.41 
 
 		 381 aa  455  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  64.39 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  60.95 
 
 		 380 aa  422  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  59.77 
 
 		 373 aa  421  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  58.77 
 
 		 375 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  60.73 
 
 		 330 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  58.94 
 
 		 376 aa  386  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  54.19 
 
 		 371 aa  359  3e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  55.17 
 
 		 356 aa  355  5.999999999999999e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  52.8 
 
 		 360 aa  354  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  54.81 
 
 		 372 aa  349  5e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  56.09 
 
 		 355 aa  347  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  52.11 
 
 		 357 aa  347  2e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  52.19 
 
 		 358 aa  335  5e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  52.54 
 
 		 369 aa  333  3e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  51.48 
 
 		 359 aa  333  4e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  52.21 
 
 		 368 aa  332  7.000000000000001e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  50 
 
 		 378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  50.44 
 
 		 353 aa  323  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  51.42 
 
 		 371 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  49.71 
 
 		 374 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  74.04 
 
 		 412 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  51.93 
 
 		 356 aa  311  7.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  45.66 
 
 		 359 aa  309  5e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  47.51 
 
 		 359 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  49.42 
 
 		 369 aa  302  5.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  49.29 
 
 		 349 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  46.33 
 
 		 352 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  48.38 
 
 		 408 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  49.26 
 
 		 392 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  48.38 
 
 		 383 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  48.38 
 
 		 361 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  44.32 
 
 		 364 aa  290  3e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  47.51 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  48.48 
 
 		 349 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  48.24 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  48.1 
 
 		 405 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  46.18 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  46.18 
 
 		 353 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  47.03 
 
 		 354 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  45.48 
 
 		 360 aa  285  8e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  46.48 
 
 		 354 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  46.74 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  50.34 
 
 		 379 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  48.67 
 
 		 403 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  47.23 
 
 		 429 aa  279  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  46.67 
 
 		 358 aa  279  6e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 404 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  45.63 
 
 		 353 aa  279  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 406 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 404 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  46.99 
 
 		 364 aa  278  8e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 400 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  46.48 
 
 		 354 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 400 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  50.67 
 
 		 400 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  45.45 
 
 		 353 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  44.35 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  45.87 
 
 		 379 aa  277  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  49.67 
 
 		 407 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  43.05 
 
 		 352 aa  276  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  45.51 
 
 		 359 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  49.01 
 
 		 355 aa  276  5e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  46.38 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  46.38 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  44.63 
 
 		 351 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  44.63 
 
 		 351 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  44.63 
 
 		 351 aa  275  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  48.32 
 
 		 369 aa  276  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  44.63 
 
 		 351 aa  276  6e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  44.63 
 
 		 351 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  46.09 
 
 		 358 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  44.63 
 
 		 351 aa  275  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  48.68 
 
 		 355 aa  275  9e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  43.84 
 
 		 399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  44.41 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  44.63 
 
 		 358 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  45.22 
 
 		 348 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  44.11 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  45.58 
 
 		 355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  44.35 
 
 		 351 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  44.31 
 
 		 389 aa  273  3e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  44.35 
 
 		 351 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  47.32 
 
 		 357 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  47.32 
 
 		 362 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  47.65 
 
 		 357 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  46.31 
 
 		 359 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  46.02 
 
 		 359 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>