More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2874 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 676 aa  1282    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.63 
 
 		 528 aa  425  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  64.66 
 
 		 736 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.41 
 
 		 609 aa  362  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  65.34 
 
 		 674 aa  360  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  65.79 
 
 		 795 aa  360  6e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.34 
 
 		 669 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  68.36 
 
 		 576 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  66.67 
 
 		 577 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.93 
 
 		 601 aa  357  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  66.41 
 
 		 687 aa  356  7.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  67.2 
 
 		 743 aa  353  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  62.76 
 
 		 784 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  65.48 
 
 		 680 aa  350  6e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  65.27 
 
 		 690 aa  347  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.23 
 
 		 620 aa  347  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  64.93 
 
 		 698 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  65.17 
 
 		 689 aa  343  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.27 
 
 		 704 aa  336  9e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.71 
 
 		 576 aa  335  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  64.14 
 
 		 576 aa  335  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  58.55 
 
 		 598 aa  333  6e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.47 
 
 		 598 aa  331  3e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  58.46 
 
 		 499 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  58.33 
 
 		 466 aa  317  4e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.67 
 
 		 327 aa  315  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.44 
 
 		 466 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  60.59 
 
 		 508 aa  300  7e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.59 
 
 		 489 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  55.73 
 
 		 422 aa  287  5e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.28 
 
 		 457 aa  283  7.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.33 
 
 		 501 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  58.47 
 
 		 296 aa  277  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  59.75 
 
 		 293 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  59.32 
 
 		 322 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.72 
 
 		 247 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  51.29 
 
 		 372 aa  262  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  56.17 
 
 		 264 aa  249  8e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  54.19 
 
 		 286 aa  249  9e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  51.98 
 
 		 270 aa  238  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  53.07 
 
 		 285 aa  233  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 332 aa  184  6e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.34 
 
 		 567 aa  171  4e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 587 aa  167  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.26 
 
 		 290 aa  167  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 736 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 624 aa  161  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.56 
 
 		 328 aa  160  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  39.68 
 
 		 386 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  39.68 
 
 		 386 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 382 aa  159  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 516 aa  158  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  40.87 
 
 		 409 aa  158  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 405 aa  158  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 325 aa  157  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 408 aa  157  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 597 aa  157  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.77 
 
 		 355 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 633 aa  156  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.77 
 
 		 355 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  36.14 
 
 		 598 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 398 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 631 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 686 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  37.9 
 
 		 680 aa  155  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.85 
 
 		 354 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 615 aa  154  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.3 
 
 		 588 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 556 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 355 aa  154  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 626 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  39.3 
 
 		 318 aa  154  5.9999999999999996e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  42.7 
 
 		 292 aa  154  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 292 aa  154  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 594 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 290 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  42.6 
 
 		 268 aa  152  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40 
 
 		 344 aa  152  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.16 
 
 		 586 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  37.55 
 
 		 554 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  37.16 
 
 		 586 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 251 aa  152  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  37.16 
 
 		 586 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.16 
 
 		 513 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  34.94 
 
 		 403 aa  151  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 594 aa  151  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 291 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 291 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  40.18 
 
 		 289 aa  151  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 		 291 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 291 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.93 
 
 		 406 aa  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  37.16 
 
 		 554 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40 
 
 		 344 aa  150  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.16 
 
 		 554 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  35.13 
 
 		 331 aa  150  6e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  37.16 
 
 		 554 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  37.16 
 
 		 554 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 291 aa  150  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>