More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2855 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 532 aa  1055    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  60.45 
 
 		 534 aa  650    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  61.75 
 
 		 534 aa  654    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  80.08 
 
 		 531 aa  851    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  57.28 
 
 		 534 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  58.21 
 
 		 533 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  57.38 
 
 		 532 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  57.38 
 
 		 532 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  55.27 
 
 		 534 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  55.37 
 
 		 533 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  54.98 
 
 		 533 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  53.89 
 
 		 533 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  53.7 
 
 		 532 aa  566  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  55 
 
 		 533 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  54.55 
 
 		 856 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  53.69 
 
 		 535 aa  558  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  53.69 
 
 		 533 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  53.6 
 
 		 856 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  51.46 
 
 		 535 aa  518  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  47.03 
 
 		 554 aa  475  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.5 
 
 		 853 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.2 
 
 		 848 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.36 
 
 		 849 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.15 
 
 		 845 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.78 
 
 		 844 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  47.93 
 
 		 554 aa  442  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  47.41 
 
 		 556 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  43.99 
 
 		 554 aa  438  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.97 
 
 		 844 aa  440  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.8 
 
 		 839 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  45.44 
 
 		 554 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.09 
 
 		 844 aa  431  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  44.42 
 
 		 554 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  43.6 
 
 		 535 aa  425  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  44.42 
 
 		 554 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  43.12 
 
 		 551 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  43.69 
 
 		 537 aa  411  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  40.74 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.34 
 
 		 834 aa  390  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  39.85 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  42.27 
 
 		 632 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  42.07 
 
 		 632 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.74 
 
 		 846 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 533 aa  372  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  40.72 
 
 		 632 aa  368  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.37 
 
 		 846 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.01 
 
 		 530 aa  360  4e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  37.84 
 
 		 843 aa  360  5e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.57 
 
 		 532 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.96 
 
 		 532 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  38.43 
 
 		 532 aa  355  1e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  39.55 
 
 		 533 aa  353  4e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  37.7 
 
 		 532 aa  350  4e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.49 
 
 		 530 aa  349  5e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  41.13 
 
 		 625 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  39.23 
 
 		 530 aa  348  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  41.28 
 
 		 636 aa  347  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  39.96 
 
 		 533 aa  346  6e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  39.19 
 
 		 531 aa  346  6e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 640 aa  345  8e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  41.35 
 
 		 594 aa  342  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  41.35 
 
 		 594 aa  342  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  40.92 
 
 		 533 aa  340  4e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  40.51 
 
 		 626 aa  339  7e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  42.02 
 
 		 626 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  39.14 
 
 		 533 aa  335  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  37.66 
 
 		 501 aa  334  3e-90  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  37.12 
 
 		 505 aa  334  3e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  37.87 
 
 		 534 aa  332  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  41.29 
 
 		 621 aa  331  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  39.6 
 
 		 526 aa  329  8e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  42.71 
 
 		 621 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  40.84 
 
 		 626 aa  327  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  41.54 
 
 		 621 aa  327  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  41.7 
 
 		 620 aa  327  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 		 616 aa  327  4.0000000000000003e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  36.31 
 
 		 508 aa  326  6e-88  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  40.66 
 
 		 618 aa  326  6e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  39 
 
 		 524 aa  326  6e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 526 aa  326  8.000000000000001e-88  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  41.97 
 
 		 622 aa  323  6e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  36.91 
 
 		 526 aa  322  9.999999999999999e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  39.71 
 
 		 533 aa  322  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  40.98 
 
 		 633 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  41.72 
 
 		 604 aa  319  7e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  38.21 
 
 		 615 aa  318  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  38.95 
 
 		 625 aa  318  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 		 623 aa  317  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 629 aa  317  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 529 aa  316  6e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 681 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  38.25 
 
 		 622 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  39.33 
 
 		 629 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.44 
 
 		 858 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  40.47 
 
 		 616 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 		 510 aa  313  4.999999999999999e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  39.33 
 
 		 624 aa  312  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  38.48 
 
 		 627 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  39.57 
 
 		 616 aa  312  1e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>