More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2800 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  100 
 
 
187 aa  378  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0337  GrpE protein  76.65 
 
 
201 aa  266  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387309  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0415  GrpE protein  60.96 
 
 
202 aa  223  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 
204 aa  213  1e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.94 
 
 
202 aa  211  5e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.52 
 
 
217 aa  210  8e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.55 
 
 
202 aa  209  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1146  GrpE protein  65.36 
 
 
226 aa  209  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  53.89 
 
 
204 aa  209  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2184  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.18 
 
 
207 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0403299  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  65.16 
 
 
207 aa  207  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  62.58 
 
 
206 aa  203  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  54.5 
 
 
206 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  55.62 
 
 
208 aa  202  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  58.6 
 
 
222 aa  201  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  60.9 
 
 
210 aa  200  1e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  59.87 
 
 
210 aa  199  2e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  54.74 
 
 
205 aa  196  1e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  57.74 
 
 
203 aa  195  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  64 
 
 
206 aa  195  4e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1334  heat shock protein GrpE  57.96 
 
 
222 aa  192  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  57.52 
 
 
230 aa  191  6e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  57.52 
 
 
230 aa  190  9e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  60.96 
 
 
197 aa  189  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  57.14 
 
 
228 aa  189  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3578  GrpE protein  48.1 
 
 
213 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534048  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3004  GrpE protein  46.47 
 
 
210 aa  146  2e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7788  putative heat shock protein (HSP-70 cofactor), grpE  50.32 
 
 
181 aa  145  4e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0272135  normal  0.30698 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1253  GrpE protein  42.2 
 
 
181 aa  140  1e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.329053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0165  heat shock protein GrpE  46.84 
 
 
205 aa  139  2e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261628  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  41.3 
 
 
210 aa  131  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3643  GrpE protein  41.83 
 
 
221 aa  128  4e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.58693  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15032  predicted protein  42.21 
 
 
157 aa  125  3e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.189878  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1974  GrpE protein  41.45 
 
 
210 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.26677  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0252  GrpE protein  44.44 
 
 
181 aa  124  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0008  GrpE protein  42.13 
 
 
179 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2880  Fis family transcriptional regulator  44.08 
 
 
186 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1219  putative chaperone protein GrpE (heat shock protein)  44.08 
 
 
189 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2656  GrpE protein  42.86 
 
 
186 aa  121  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23931  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  42.95 
 
 
197 aa  119  2e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64096  predicted protein  43.06 
 
 
188 aa  118  4e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.20813  normal  0.0799005 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0971  GrpE protein  39.13 
 
 
187 aa  118  5e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.314079  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  39.16 
 
 
205 aa  117  8e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.76111e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14947  mitochondrial GrpE-like protein  40.13 
 
 
240 aa  117  1e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0088904  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  41.1 
 
 
204 aa  117  1e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2992  heat shock protein GrpE  37.91 
 
 
200 aa  117  1e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.63848e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  40.69 
 
 
206 aa  115  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.75754e-08  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2059  GrpE protein  39.47 
 
 
186 aa  115  4e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2874  GrpE protein  39.49 
 
 
187 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.423884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
206 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.67299e-10  decreased coverage  7.11999e-08 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  37.74 
 
 
201 aa  115  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.57049e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
206 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  7.98826e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
206 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.27789e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
206 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.63417e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2805  heat shock protein GrpE  40 
 
 
203 aa  114  9e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.98857e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  39.31 
 
 
206 aa  114  1e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  38.46 
 
 
209 aa  113  1e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  37.5 
 
 
206 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.25429e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1857  GrpE protein  38.32 
 
 
185 aa  112  4e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 
200 aa  112  4e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.5112e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  38.61 
 
 
201 aa  111  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.03997e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  39.31 
 
 
203 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.69534e-09  normal  0.883865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  37.76 
 
 
209 aa  111  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  4.35816e-05  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0869  GrpE protein  35.33 
 
 
186 aa  110  1e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.555049  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0069  GrpE protein  35.94 
 
 
217 aa  110  1e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311586  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0208  GrpE protein  35.63 
 
 
188 aa  110  1e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0980  heat shock protein GrpE  46.71 
 
 
181 aa  110  2e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3823  co-chaperone GrpE  38.89 
 
 
209 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0800  heat shock protein GrpE  36.84 
 
 
189 aa  108  3e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.200393  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  33.52 
 
 
193 aa  109  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  42.45 
 
 
199 aa  108  4e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0111  GrpE protein  31.19 
 
 
199 aa  108  4e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1227  heat shock protein GrpE  43.42 
 
 
189 aa  108  4e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.830838  hitchhiker  0.00575896 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1669  GrpE protein  39.73 
 
 
198 aa  108  4e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.924604  decreased coverage  0.00844873 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2126  GrpE protein  37.97 
 
 
200 aa  108  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.743495  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0649  heat shock protein GrpE  38.89 
 
 
195 aa  107  7e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.127631  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0381  heat shock protein GrpE  36.21 
 
 
200 aa  107  7e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.901514  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  41.73 
 
 
199 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3965  GrpE protein  41.38 
 
 
192 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.54707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5230  heat shock protein GrpE  43.14 
 
 
181 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1647  GrpE protein  36.9 
 
 
202 aa  106  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165316  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1004  heat shock protein GrpE  36.36 
 
 
180 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.324391 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01132  heat shock protein GrpE  37.59 
 
 
212 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  37.25 
 
 
193 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0849  heat shock protein GrpE  37.85 
 
 
175 aa  104  6e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02254  heat shock protein GrpE  38.22 
 
 
211 aa  104  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.781248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4594  heat shock protein GrpE  37.01 
 
 
185 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1901  GrpE protein  37.58 
 
 
218 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489852  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2551  GrpE protein  37.97 
 
 
260 aa  102  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.124542 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1035  GrpE protein  35.85 
 
 
189 aa  102  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00038029  hitchhiker  0.000654048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4728  heat shock protein GrpE  36.36 
 
 
185 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.079881  hitchhiker  0.00247949 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  36.17 
 
 
198 aa  101  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2924  GrpE protein  35.96 
 
 
173 aa  101  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2473  protein GrpE (heat shock protein)  37.16 
 
 
194 aa  101  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0936  heat shock protein GrpE  36.57 
 
 
169 aa  101  8e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0941203  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1477  GrpE protein  41.13 
 
 
240 aa  100  9e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0704  heat shock protein GrpE  35.95 
 
 
184 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.94046  hitchhiker  0.000436359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2570  heat shock protein GrpE  42.76 
 
 
178 aa  100  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0799  GrpE protein  38.52 
 
 
203 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5482  heat shock protein GrpE  32 
 
 
189 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.601194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>