More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2587 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 448 aa  862    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  58.99 
 
 		 451 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  52.61 
 
 		 441 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  51.4 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  52.58 
 
 		 445 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  53.1 
 
 		 431 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  50.33 
 
 		 456 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  50.98 
 
 		 460 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  51.12 
 
 		 449 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  46.74 
 
 		 442 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  46.52 
 
 		 442 aa  363  3e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 444 aa  362  9e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  46.38 
 
 		 442 aa  359  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 444 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  48.98 
 
 		 444 aa  347  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  48.87 
 
 		 437 aa  345  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  48.79 
 
 		 457 aa  345  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  45.31 
 
 		 436 aa  341  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  47.63 
 
 		 438 aa  339  5e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  48.42 
 
 		 441 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  47.5 
 
 		 428 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  47.39 
 
 		 428 aa  332  9e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  46.1 
 
 		 440 aa  330  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 		 428 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  47.95 
 
 		 434 aa  329  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  47.98 
 
 		 438 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  45.21 
 
 		 442 aa  327  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  45.33 
 
 		 437 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  44.27 
 
 		 429 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  43.61 
 
 		 428 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  44.95 
 
 		 437 aa  308  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  47.38 
 
 		 447 aa  307  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  46.44 
 
 		 435 aa  306  4.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  40.45 
 
 		 435 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  39.86 
 
 		 439 aa  298  1e-79  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  42.25 
 
 		 437 aa  297  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  47.49 
 
 		 433 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  44.47 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  47.28 
 
 		 455 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.15 
 
 		 441 aa  282  8.000000000000001e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.74 
 
 		 426 aa  279  9e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  39.3 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 453 aa  266  7e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  38.84 
 
 		 453 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 453 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 453 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  38.29 
 
 		 489 aa  263  6e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  39.45 
 
 		 471 aa  263  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 453 aa  260  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  38.68 
 
 		 458 aa  258  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  43.95 
 
 		 419 aa  257  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 453 aa  257  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 453 aa  256  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  37.98 
 
 		 453 aa  256  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  38.21 
 
 		 479 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  39.4 
 
 		 486 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  38.6 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  38.04 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  37.88 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  40.58 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  43.38 
 
 		 508 aa  254  3e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  38.24 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 478 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  39.1 
 
 		 467 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.53 
 
 		 454 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 454 aa  253  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.53 
 
 		 454 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 		 454 aa  252  8.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 454 aa  252  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 		 454 aa  251  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 		 454 aa  251  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 456 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  36.6 
 
 		 455 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 466 aa  251  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 452 aa  251  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  34.05 
 
 		 472 aa  250  3e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.34 
 
 		 462 aa  251  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.31 
 
 		 454 aa  249  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 437 aa  249  9e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 455 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  39.6 
 
 		 448 aa  247  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 456 aa  247  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 475 aa  247  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 460 aa  246  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 456 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>