More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2581 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  563  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.55 
 
 
300 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.69 
 
 
317 aa  224  1e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.52 
 
 
280 aa  220  2e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.48 
 
 
338 aa  216  4e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
285 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
273 aa  205  6e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
306 aa  202  4e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
287 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  41.26 
 
 
279 aa  198  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 
278 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  40.3 
 
 
283 aa  196  5e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
314 aa  193  2e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
272 aa  193  3e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
291 aa  191  9e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
276 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
276 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 
278 aa  185  7e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
278 aa  185  8e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  38.66 
 
 
279 aa  183  2e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  37.5 
 
 
272 aa  180  2e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
277 aa  180  3e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  39.41 
 
 
283 aa  176  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  38.66 
 
 
283 aa  175  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  39.68 
 
 
277 aa  174  2e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
278 aa  173  4e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
258 aa  172  7e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  9.30327e-05 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
272 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  41.48 
 
 
275 aa  168  9e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
292 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0934887  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  37.6 
 
 
274 aa  167  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
258 aa  167  3e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
258 aa  167  3e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
258 aa  167  3e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  40.29 
 
 
274 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  40.29 
 
 
270 aa  162  4e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 
277 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
272 aa  162  7e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
267 aa  162  8e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
270 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 
275 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
272 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 
270 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
284 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.55 
 
 
272 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.48 
 
 
281 aa  159  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 
280 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
300 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
276 aa  157  1e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  2.24332e-12 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 
280 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
277 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
277 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
258 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 
256 aa  155  5e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  38.19 
 
 
279 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
271 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
272 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
256 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
290 aa  153  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  45.65 
 
 
298 aa  153  3e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 
286 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.03 
 
 
285 aa  152  6e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  34.06 
 
 
275 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
269 aa  151  9e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 
277 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
305 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  38.29 
 
 
271 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  37.08 
 
 
258 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
284 aa  149  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
273 aa  149  4e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  4.06118e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
291 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
277 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
271 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
272 aa  148  1e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
275 aa  148  1e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 
256 aa  147  2e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
286 aa  145  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.1 
 
 
286 aa  145  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
344 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
277 aa  145  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  31.77 
 
 
286 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
277 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
280 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 
269 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  35.53 
 
 
277 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 
269 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
276 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 
282 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
256 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
271 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0945  short chain dehydrogenase  46.33 
 
 
274 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.94 
 
 
269 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
281 aa  142  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
275 aa  142  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 
269 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 
269 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 
269 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13680  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
276 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.995121 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
256 aa  142  6e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
256 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>