More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2440 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 
509 aa  1020    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  43.2 
 
 
505 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  42.51 
 
 
506 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 
501 aa  335  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.1 
 
 
492 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.22 
 
 
493 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 
489 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.98 
 
 
485 aa  238  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.41 
 
 
492 aa  223  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 
335 aa  219  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.53 
 
 
489 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.33 
 
 
490 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  39.79 
 
 
345 aa  212  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 
480 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.57 
 
 
475 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.86 
 
 
475 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 
475 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.81 
 
 
508 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
493 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
493 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 
493 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
489 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.18 
 
 
507 aa  131  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.1 
 
 
479 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  26.95 
 
 
512 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  24.52 
 
 
472 aa  100  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  26.58 
 
 
481 aa  96.7  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  29.71 
 
 
368 aa  89.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  28.96 
 
 
311 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 
311 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  31.79 
 
 
366 aa  88.2  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 
325 aa  79.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.06 
 
 
304 aa  79.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 
369 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  27.87 
 
 
383 aa  74.3  0.000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.72 
 
 
473 aa  73.2  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 
376 aa  72.4  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  30.83 
 
 
482 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 
406 aa  68.2  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 
362 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 
393 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 
482 aa  67  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 
338 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  23.62 
 
 
360 aa  66.6  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 
369 aa  66.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 
344 aa  66.2  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  20.06 
 
 
449 aa  65.9  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
345 aa  65.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  32.17 
 
 
348 aa  64.7  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  23.68 
 
 
400 aa  64.7  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  31.97 
 
 
278 aa  64.3  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 
401 aa  64.3  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  27.91 
 
 
351 aa  64.3  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.03 
 
 
226 aa  64.3  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.1 
 
 
291 aa  63.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 
226 aa  63.5  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  21.49 
 
 
637 aa  63.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  25.36 
 
 
361 aa  63.2  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  32.39 
 
 
401 aa  63.2  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  25.26 
 
 
359 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  33.33 
 
 
226 aa  63.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.88 
 
 
228 aa  62  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 
366 aa  61.6  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  26.53 
 
 
853 aa  61.6  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  20.5 
 
 
358 aa  62  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  25.84 
 
 
364 aa  60.8  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.15 
 
 
220 aa  60.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  16.38 
 
 
495 aa  60.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0736  MscS Mechanosensitive ion channel  20.58 
 
 
484 aa  60.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  36.36 
 
 
224 aa  60.8  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  23.24 
 
 
366 aa  60.5  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  22.5 
 
 
859 aa  60.5  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 
352 aa  60.5  0.00000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  27.03 
 
 
494 aa  60.1  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0765  MscS Mechanosensitive ion channel  20.29 
 
 
484 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  24.29 
 
 
1111 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 
866 aa  58.9  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  26.26 
 
 
362 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.84 
 
 
229 aa  58.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.35 
 
 
226 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
232 aa  58.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
225 aa  58.2  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  25.73 
 
 
267 aa  57.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.59 
 
 
228 aa  57.8  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  23.83 
 
 
435 aa  57.8  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
454 aa  57.4  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  23.83 
 
 
373 aa  57.4  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  27.2 
 
 
302 aa  57.4  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  22.47 
 
 
1117 aa  57.4  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 
662 aa  57.4  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  28.32 
 
 
451 aa  57  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 
348 aa  57.4  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000167428  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 
274 aa  57.4  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
283 aa  57  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  31.52 
 
 
274 aa  57  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
242 aa  56.6  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  26.44 
 
 
572 aa  56.6  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 
338 aa  56.6  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  25.68 
 
 
537 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>