More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2435 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
500 aa  1013  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.78 
 
 
525 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46 
 
 
533 aa  402  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.2 
 
 
513 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  47.47 
 
 
479 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.47 
 
 
532 aa  403  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  46.79 
 
 
479 aa  401  1e-110  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45 
 
 
512 aa  400  1e-110  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.17 
 
 
515 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.33 
 
 
512 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.28 
 
 
537 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.68 
 
 
521 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.31 
 
 
483 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.65 
 
 
484 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.44 
 
 
484 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.33 
 
 
483 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.32 
 
 
517 aa  360  4e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.74 
 
 
483 aa  357  2e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.61 
 
 
519 aa  350  3e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  43.45 
 
 
479 aa  350  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  41.14 
 
 
547 aa  350  5e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.23 
 
 
511 aa  349  6e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  41 
 
 
511 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  39.54 
 
 
503 aa  339  5e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.38 
 
 
558 aa  337  2e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.81 
 
 
560 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.98 
 
 
591 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.63 
 
 
561 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.45 
 
 
561 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.86 
 
 
497 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  41.83 
 
 
569 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  41.83 
 
 
569 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  41.7 
 
 
565 aa  315  1e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.96 
 
 
504 aa  308  2e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.6 
 
 
470 aa  307  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.48 
 
 
576 aa  305  1e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.24 
 
 
502 aa  305  2e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.55 
 
 
494 aa  297  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  39.07 
 
 
495 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.15 
 
 
483 aa  294  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.05 
 
 
486 aa  289  1e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  35.7 
 
 
479 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  35.39 
 
 
489 aa  287  4e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.19 
 
 
482 aa  284  2e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.17 
 
 
509 aa  279  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.13 
 
 
512 aa  277  3e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.06 
 
 
479 aa  268  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.58 
 
 
520 aa  261  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.67 
 
 
569 aa  260  4e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.34 
 
 
493 aa  260  4e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.41 
 
 
509 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.49 
 
 
489 aa  254  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  32.85 
 
 
518 aa  250  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.27 
 
 
518 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.14 
 
 
520 aa  247  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.4 
 
 
504 aa  244  2e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.32 
 
 
531 aa  243  4e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.8 
 
 
529 aa  243  7e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.57 
 
 
569 aa  239  8e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
501 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.01 
 
 
538 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  34.31 
 
 
470 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.64 
 
 
504 aa  235  1e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.72 
 
 
492 aa  235  1e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.7 
 
 
546 aa  232  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
491 aa  231  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.37 
 
 
482 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.98 
 
 
558 aa  230  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.51 
 
 
482 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
488 aa  228  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.62 
 
 
477 aa  227  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.85 
 
 
493 aa  227  5e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.8 
 
 
541 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.58 
 
 
472 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
465 aa  226  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.09 
 
 
462 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.97 
 
 
471 aa  223  5e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
471 aa  223  5e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
471 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.41 
 
 
464 aa  222  1e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.16 
 
 
473 aa  222  1e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.5 
 
 
489 aa  221  2e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
471 aa  221  2e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.19 
 
 
465 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0471  efflux system protein  42.81 
 
 
514 aa  219  8e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1405  hypothetical protein  42.81 
 
 
514 aa  219  8e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.75 
 
 
472 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
490 aa  217  3e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.55 
 
 
473 aa  216  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.81 
 
 
504 aa  216  9e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.29 
 
 
517 aa  215  2e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
517 aa  215  2e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.64 
 
 
481 aa  214  3e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  2.92967e-07 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.69 
 
 
482 aa  214  3e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.18 
 
 
483 aa  213  6e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.08 
 
 
486 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.81 
 
 
475 aa  212  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
514 aa  211  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.93 
 
 
485 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.21 
 
 
486 aa  211  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>