More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2318 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.36 
 
 		 579 aa  637    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  59.76 
 
 		 579 aa  643    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 615 aa  1222    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.21 
 
 		 604 aa  639    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  64.44 
 
 		 593 aa  748    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.8 
 
 		 594 aa  606  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  48.04 
 
 		 591 aa  489  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  48.89 
 
 		 552 aa  482  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  62.67 
 
 		 376 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  65.28 
 
 		 370 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  62.4 
 
 		 376 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  64.29 
 
 		 371 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  63.19 
 
 		 375 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  60.86 
 
 		 380 aa  438  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  59.84 
 
 		 378 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 		 378 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 		 378 aa  420  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  66.01 
 
 		 379 aa  420  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  60.06 
 
 		 381 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  59.14 
 
 		 382 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  60.28 
 
 		 372 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  58.04 
 
 		 381 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 382 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 382 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  58.04 
 
 		 382 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  59.03 
 
 		 383 aa  386  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  56.65 
 
 		 383 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  53.23 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  56.87 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 367 aa  375  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  56.04 
 
 		 370 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 		 383 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 373 aa  372  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  55.19 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  55.01 
 
 		 385 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  54.95 
 
 		 369 aa  354  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  54.85 
 
 		 369 aa  347  5e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  54.12 
 
 		 367 aa  338  1.9999999999999998e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  52.04 
 
 		 369 aa  329  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  51.92 
 
 		 368 aa  323  6e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  49.03 
 
 		 359 aa  300  8e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 361 aa  296  7e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.33 
 
 		 539 aa  296  8e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 364 aa  294  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 364 aa  294  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 361 aa  293  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  47.98 
 
 		 374 aa  293  7e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  46.42 
 
 		 358 aa  292  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  48.08 
 
 		 368 aa  291  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 368 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 362 aa  290  8e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  46.88 
 
 		 367 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  45.95 
 
 		 362 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  47.38 
 
 		 368 aa  287  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  46.52 
 
 		 362 aa  286  8e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  47.84 
 
 		 367 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  48.01 
 
 		 360 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  47.8 
 
 		 370 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 365 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  43.05 
 
 		 364 aa  285  2.0000000000000002e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 365 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  42.38 
 
 		 359 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  45.68 
 
 		 368 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  43.6 
 
 		 363 aa  281  3e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45240  3-dehydroquinate synthase  50.3 
 
 		 367 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  46.26 
 
 		 366 aa  280  5e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  45.38 
 
 		 362 aa  280  5e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  46.78 
 
 		 359 aa  280  8e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  43.09 
 
 		 366 aa  279  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  46.17 
 
 		 367 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  45.03 
 
 		 368 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  46.41 
 
 		 359 aa  278  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  43.43 
 
 		 368 aa  277  4e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  45.17 
 
 		 359 aa  277  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  45.53 
 
 		 368 aa  276  6e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  45.94 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  45.76 
 
 		 359 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  40.81 
 
 		 366 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 362 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 362 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 362 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 362 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  45.94 
 
 		 359 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 362 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  45.74 
 
 		 388 aa  275  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 359 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  46.05 
 
 		 364 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 359 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  40.81 
 
 		 366 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.95 
 
 		 359 aa  274  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  46.29 
 
 		 367 aa  274  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  46.29 
 
 		 367 aa  274  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  43.48 
 
 		 368 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  41.87 
 
 		 363 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  45.64 
 
 		 359 aa  272  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  46.45 
 
 		 366 aa  272  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 358 aa  272  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>