More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2308 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 342 aa  670    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  66.89 
 
 		 346 aa  394  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  54.82 
 
 		 377 aa  348  8e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  59.02 
 
 		 334 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  57.44 
 
 		 426 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  58.28 
 
 		 324 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.99 
 
 		 343 aa  340  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  60.06 
 
 		 337 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.23 
 
 		 326 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  56.25 
 
 		 341 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  55.27 
 
 		 391 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  54.44 
 
 		 351 aa  333  4e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 336 aa  333  4e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  55.26 
 
 		 343 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.99 
 
 		 334 aa  330  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.99 
 
 		 347 aa  330  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  59.75 
 
 		 336 aa  328  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  55.14 
 
 		 341 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  61.78 
 
 		 334 aa  326  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  53.07 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  56.56 
 
 		 342 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  52.79 
 
 		 482 aa  323  3e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  56.79 
 
 		 343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  56.79 
 
 		 343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  57.86 
 
 		 345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  63.39 
 
 		 264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.65 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  52.2 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.22 
 
 		 343 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  52.6 
 
 		 332 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  51.27 
 
 		 322 aa  292  5e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.3 
 
 		 335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  49.56 
 
 		 376 aa  281  9e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  53.92 
 
 		 351 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  50.9 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 		 312 aa  271  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.78 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  44.28 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 		 329 aa  264  2e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.51 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  48.62 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.16 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.89 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.26 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  51.51 
 
 		 349 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  48.08 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.6 
 
 		 332 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  48.08 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.32 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 		 304 aa  257  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 322 aa  256  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.81 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.04 
 
 		 337 aa  255  8e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.11 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 349 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.68 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.23 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  51.94 
 
 		 341 aa  251  9.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.46 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.57 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  43.73 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.24 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.53 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.6 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.06 
 
 		 333 aa  242  7e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  47.62 
 
 		 331 aa  241  9e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.95 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.88 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.77 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  45.74 
 
 		 339 aa  240  2.9999999999999997e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 		 325 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.24 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.13 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.07 
 
 		 355 aa  238  8e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.33 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.82 
 
 		 334 aa  236  6e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.06 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.06 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  42.06 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.06 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.7 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.18 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.06 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.88 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.61 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  46.88 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.74 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.75 
 
 		 305 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 302 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 344 aa  232  8.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.79 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  40.54 
 
 		 341 aa  231  1e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>