More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2307 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
303 aa  615  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  88.19 
 
 
299 aa  519  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  79.59 
 
 
299 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  81.05 
 
 
296 aa  474  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  78.57 
 
 
299 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  77.7 
 
 
299 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  78.91 
 
 
299 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  80.7 
 
 
296 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  79.18 
 
 
299 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  79.09 
 
 
300 aa  467  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  76.35 
 
 
299 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  76.53 
 
 
299 aa  463  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  76.09 
 
 
297 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  78.25 
 
 
297 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  75.76 
 
 
297 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  76.39 
 
 
297 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  73.53 
 
 
308 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  77.29 
 
 
303 aa  434  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  74.73 
 
 
302 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  75.09 
 
 
302 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  73.45 
 
 
301 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  76.92 
 
 
303 aa  427  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  77.29 
 
 
303 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  74.73 
 
 
300 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.1 
 
 
340 aa  418  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  68.17 
 
 
296 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
295 aa  401  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  69.23 
 
 
295 aa  403  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  67.14 
 
 
303 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  65.96 
 
 
295 aa  397  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
298 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
298 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  68.09 
 
 
301 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.86 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  65.25 
 
 
300 aa  386  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  66.31 
 
 
298 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  64.54 
 
 
299 aa  381  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.07 
 
 
301 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  68.57 
 
 
298 aa  378  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
298 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
299 aa  378  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  61.07 
 
 
306 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.75 
 
 
290 aa  256  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  44.48 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.59 
 
 
326 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  46.38 
 
 
329 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  45.52 
 
 
279 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  45.26 
 
 
297 aa  246  3e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.36 
 
 
286 aa  246  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  43.01 
 
 
297 aa  242  5e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.25 
 
 
305 aa  241  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.41 
 
 
284 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.29 
 
 
307 aa  238  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
293 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.48 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
285 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.09 
 
 
307 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.73 
 
 
307 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.09 
 
 
307 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
311 aa  229  6e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.4 
 
 
282 aa  229  6e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
311 aa  228  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
311 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.8 
 
 
285 aa  227  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
286 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  46.38 
 
 
286 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.29 
 
 
285 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.66 
 
 
280 aa  225  8e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.98 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.79 
 
 
291 aa  224  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.17 
 
 
286 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.64 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  43.66 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  47.53 
 
 
287 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
290 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  47.53 
 
 
287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
290 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 
290 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  41.34 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  47.49 
 
 
291 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  43.53 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  42.56 
 
 
311 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
292 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  39.72 
 
 
285 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  39.36 
 
 
285 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  39.36 
 
 
285 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  42.07 
 
 
309 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
284 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  41.09 
 
 
280 aa  211  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  39.36 
 
 
285 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  39.36 
 
 
285 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
311 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  42.05 
 
 
322 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  41.34 
 
 
307 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  44.06 
 
 
287 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  39.01 
 
 
285 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.46 
 
 
322 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>