More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2063 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 399 aa  803    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  65.73 
 
 		 400 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  66.58 
 
 		 400 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  66.84 
 
 		 403 aa  514  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  65.9 
 
 		 400 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  64.8 
 
 		 401 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  66.67 
 
 		 402 aa  475  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  67.03 
 
 		 397 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  63.43 
 
 		 394 aa  472  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  67.03 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  66.15 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  66.58 
 
 		 408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  63.22 
 
 		 405 aa  468  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  60.47 
 
 		 394 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  60.47 
 
 		 394 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  65.45 
 
 		 330 aa  444  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  60.72 
 
 		 394 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  60.71 
 
 		 393 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  59.85 
 
 		 413 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  37.25 
 
 		 457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  37.79 
 
 		 380 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  36.3 
 
 		 406 aa  232  1e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  38.21 
 
 		 380 aa  232  1e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  37.34 
 
 		 380 aa  231  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  37.38 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  37.95 
 
 		 380 aa  227  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.19 
 
 		 446 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.19 
 
 		 446 aa  226  6e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  35.56 
 
 		 418 aa  226  7e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  37.06 
 
 		 405 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  37.06 
 
 		 405 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.53 
 
 		 380 aa  224  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  35.87 
 
 		 455 aa  223  4e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.7 
 
 		 446 aa  223  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  37.28 
 
 		 406 aa  223  4e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.15 
 
 		 379 aa  223  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  36.45 
 
 		 452 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  35.57 
 
 		 379 aa  221  9.999999999999999e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.06 
 
 		 407 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.45 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.66 
 
 		 468 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.13 
 
 		 445 aa  209  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  35.38 
 
 		 443 aa  203  4e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.38 
 
 		 443 aa  203  4e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  35.57 
 
 		 462 aa  196  8.000000000000001e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  35.05 
 
 		 421 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  35.13 
 
 		 406 aa  190  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  34.36 
 
 		 406 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  31.23 
 
 		 463 aa  179  7e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.41 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  33.64 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.64 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  31.94 
 
 		 341 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 370 aa  99.4  9e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  33.11 
 
 		 375 aa  99.4  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.39 
 
 		 396 aa  96.7  7e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  24.51 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  28.86 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  28.13 
 
 		 398 aa  94.4  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 413 aa  93.2  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  29.16 
 
 		 423 aa  92.8  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  27.71 
 
 		 408 aa  92.8  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  28.24 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  32.29 
 
 		 430 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  28.41 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  25.71 
 
 		 391 aa  90.5  4e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  28.88 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.1 
 
 		 399 aa  89  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 398 aa  88.2  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  33.98 
 
 		 424 aa  88.2  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.57 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.57 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  32.54 
 
 		 367 aa  86.7  6e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  27.45 
 
 		 396 aa  86.3  9e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  27.44 
 
 		 387 aa  86.3  9e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  26.83 
 
 		 348 aa  86.3  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  24.55 
 
 		 378 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.35 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  29.7 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  28.4 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.19 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  23.58 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  31.52 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.3 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  30.09 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  28.67 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  31.18 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  25.76 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  30.96 
 
 		 435 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 360 aa  80.9  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0013  putative oxidoreductase  28.57 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  26.21 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  27.75 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4056  putative oxidoreductase  28.26 
 
 		 361 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>