78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2058 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  100 
 
 
274 aa  545  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  82.48 
 
 
274 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  82.48 
 
 
274 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  83.58 
 
 
274 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  82.85 
 
 
274 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  79.56 
 
 
276 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  78.75 
 
 
279 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  73.19 
 
 
277 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  81.02 
 
 
274 aa  417  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  72.46 
 
 
277 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  76.19 
 
 
302 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  71.12 
 
 
281 aa  414  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  72.46 
 
 
277 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  69.34 
 
 
276 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  70.55 
 
 
277 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  68.13 
 
 
282 aa  363  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  68.36 
 
 
282 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  68.36 
 
 
282 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  40.73 
 
 
641 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  40.73 
 
 
643 aa  202  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  42.24 
 
 
311 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  29.46 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  29.46 
 
 
307 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  29.46 
 
 
306 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  29.46 
 
 
306 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  29.07 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  30.5 
 
 
323 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  28.63 
 
 
330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  32.51 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  30.58 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  30.17 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  32.51 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  30.17 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  30.17 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  28.46 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  31.43 
 
 
308 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  27.82 
 
 
321 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  26.89 
 
 
326 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  28.24 
 
 
304 aa  105  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  26.56 
 
 
332 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.73 
 
 
352 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.73 
 
 
352 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  24.18 
 
 
351 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  24.18 
 
 
351 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000139889  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.45 
 
 
360 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000169219  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  22.87 
 
 
362 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000313247 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3778  photosystem II D2 protein  23.63 
 
 
351 aa  45.8  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000016634  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1059  photosystem II D2 protein  23.63 
 
 
351 aa  45.8  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00303262  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1987  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000347488  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0054  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000310792  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1960  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0056  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  23.63 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1230  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.02 
 
 
352 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.0000000683761  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  24.04 
 
 
351 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  24.04 
 
 
370 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  26 
 
 
356 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.04 
 
 
351 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.04 
 
 
351 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25 
 
 
358 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  26.39 
 
 
358 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13341  photosystem II PsbD protein (D2)  25 
 
 
358 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13241  photosystem II PsbD protein (D2)  25 
 
 
358 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0553037  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13491  photosystem II PsbD protein (D2)  25 
 
 
358 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12331  photosystem II PsbD protein (D2)  21.88 
 
 
358 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.153207 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0655  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.98 
 
 
352 aa  43.5  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1637  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.98 
 
 
352 aa  43.5  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.719245  normal  0.411385 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  25.33 
 
 
356 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  26.39 
 
 
358 aa  43.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.67 
 
 
360 aa  42.7  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.67 
 
 
360 aa  42.7  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.67 
 
 
360 aa  42.7  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000196706  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  24.2 
 
 
353 aa  42.7  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  24.2 
 
 
353 aa  42.4  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.0000857268  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  24.2 
 
 
353 aa  42.4  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00000980824  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  23.08 
 
 
354 aa  42.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  23.08 
 
 
354 aa  42.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>