227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1979 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 277 aa  569  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  67.16 
 
 		 278 aa  384  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  64.03 
 
 		 284 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  65.67 
 
 		 278 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  62.83 
 
 		 279 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  67.66 
 
 		 276 aa  358  5e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  64.15 
 
 		 299 aa  351  8.999999999999999e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  65.28 
 
 		 274 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  65.54 
 
 		 278 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 295 aa  349  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 285 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 285 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  56.09 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 285 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 284 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  41.7 
 
 		 280 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  40.93 
 
 		 280 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 301 aa  181  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 283 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  41.9 
 
 		 265 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  39.84 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 264 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  40.23 
 
 		 309 aa  162  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  31.2 
 
 		 276 aa  162  6e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 269 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  39.04 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  36.7 
 
 		 280 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  38.49 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  36.94 
 
 		 313 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  36.58 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 288 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 263 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  36.43 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 266 aa  151  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  39.04 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  36.55 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  38.66 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 269 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 269 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  35.69 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  34.88 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  36.57 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 271 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.82 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 		 310 aa  145  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  38.67 
 
 		 281 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  39.53 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  39.53 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  39.53 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  37.22 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  39.53 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  39.53 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  39.53 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  39.13 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  35.79 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  36.25 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  33.46 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  37.65 
 
 		 284 aa  142  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  34.66 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  36.08 
 
 		 258 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  32.68 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  34.96 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  35.69 
 
 		 276 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  33.95 
 
 		 276 aa  139  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  36.6 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  35.46 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  37.61 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0023  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  34.6 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  36.8 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  34.07 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 282 aa  135  7.000000000000001e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  35.86 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  35.2 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  38.4 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>