More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1870 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 220 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 234 aa  85.1  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  28.5 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  30.72 
 
 		 227 aa  72  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  32.89 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  28.84 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  32.17 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 354 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  38.89 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 273 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 317 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 316 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 272 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 273 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 316 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 276 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 273 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 272 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 273 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 316 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 290 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  38.22 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.31 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  24.81 
 
 		 198 aa  52.4  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 295 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 204 aa  52.4  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 352 aa  52.4  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  36.67 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0253  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 208 aa  52  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.920099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  36.67 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 335 aa  52  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 206 aa  52  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 218 aa  51.6  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  38.98 
 
 		 207 aa  51.6  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 219 aa  52  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 288 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4783  transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.690259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  27.14 
 
 		 226 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 247 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  55 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 258 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  48.08 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>