142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1636 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
324 aa  651    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.03 
 
 
337 aa  365  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
340 aa  336  3.9999999999999995e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.01 
 
 
340 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.17 
 
 
340 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.65 
 
 
318 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.02 
 
 
318 aa  316  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.85 
 
 
327 aa  308  9e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
326 aa  298  6e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.08 
 
 
325 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.08 
 
 
325 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.08 
 
 
325 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  53.48 
 
 
318 aa  295  8e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.5 
 
 
352 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  48.71 
 
 
370 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.23 
 
 
326 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.61 
 
 
326 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.65 
 
 
345 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.65 
 
 
345 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.81 
 
 
333 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.73 
 
 
336 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  50.32 
 
 
345 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  50.32 
 
 
345 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  50.32 
 
 
345 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  50.32 
 
 
332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.96 
 
 
316 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.03 
 
 
338 aa  256  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.63 
 
 
162 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
335 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
287 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
312 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
321 aa  93.2  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
306 aa  89.7  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
316 aa  89.4  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
309 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.29 
 
 
312 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
318 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
316 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.09 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
332 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
352 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
304 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.49 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  27.08 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
311 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
304 aa  67.4  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
344 aa  65.1  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.66 
 
 
122 aa  63.2  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
309 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.27 
 
 
314 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.79 
 
 
319 aa  60.1  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.29 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.4 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
314 aa  58.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
309 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
300 aa  57.4  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
304 aa  57.4  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
276 aa  57  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
329 aa  55.8  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
326 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
317 aa  53.5  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.6 
 
 
328 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
310 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
332 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
327 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2189  NmrA family protein  39.74 
 
 
293 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00531075  normal  0.451733 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
320 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 
274 aa  49.3  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
325 aa  49.3  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 
304 aa  48.9  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.27 
 
 
328 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  26.29 
 
 
332 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
319 aa  48.9  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
309 aa  48.1  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159089  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3058  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
273 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.55 
 
 
353 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
358 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
306 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2058  NmrA family protein  32.22 
 
 
506 aa  47.4  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.22 
 
 
312 aa  47  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
327 aa  46.6  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>