238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1553 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  42.46 
 
 
965 aa  644    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  44.85 
 
 
1009 aa  733    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  40.81 
 
 
1067 aa  644    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  40.32 
 
 
1063 aa  643    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  40.36 
 
 
1010 aa  678    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  44.23 
 
 
1000 aa  830    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  40.72 
 
 
989 aa  667    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  37.56 
 
 
1009 aa  651    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  100 
 
 
985 aa  2034    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  42.95 
 
 
1022 aa  737    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  39.1 
 
 
1012 aa  678    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  43.72 
 
 
1004 aa  712    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  39.12 
 
 
992 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  40.85 
 
 
984 aa  709    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  41.87 
 
 
1029 aa  734    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  43.7 
 
 
1052 aa  682    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  42.34 
 
 
1006 aa  649    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  41.35 
 
 
1060 aa  647    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  41.25 
 
 
1069 aa  652    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  43.33 
 
 
1027 aa  743    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  44.29 
 
 
1007 aa  701    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  43.6 
 
 
1035 aa  701    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  40.85 
 
 
1008 aa  683    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  40.65 
 
 
971 aa  651    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  40.55 
 
 
1059 aa  648    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  37.52 
 
 
1112 aa  630  1e-179  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  39.05 
 
 
1081 aa  625  1e-177  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  39.67 
 
 
1039 aa  621  1e-176  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  37.57 
 
 
991 aa  616  1e-175  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  39.68 
 
 
1011 aa  618  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  38.4 
 
 
1102 aa  608  9.999999999999999e-173  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  38.67 
 
 
1087 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  39.07 
 
 
1033 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  39.39 
 
 
990 aa  602  1e-170  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  43.41 
 
 
905 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  39.18 
 
 
1039 aa  597  1e-169  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  38.83 
 
 
997 aa  590  1e-167  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  39.31 
 
 
1051 aa  590  1e-167  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  38.71 
 
 
1016 aa  585  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  39 
 
 
1023 aa  579  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  36.3 
 
 
1078 aa  578  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  39.19 
 
 
1022 aa  578  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  38.15 
 
 
1041 aa  575  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  39.2 
 
 
1067 aa  574  1.0000000000000001e-162  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  38.96 
 
 
1073 aa  569  1e-161  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  37.92 
 
 
1034 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  38.36 
 
 
999 aa  561  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  37.98 
 
 
969 aa  557  1e-157  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  37.22 
 
 
1085 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  36.04 
 
 
983 aa  530  1e-149  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  40.95 
 
 
976 aa  528  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  36.65 
 
 
1079 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  35.86 
 
 
1023 aa  509  1e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  35.28 
 
 
1031 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  36.01 
 
 
1002 aa  488  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  32.45 
 
 
1142 aa  441  9.999999999999999e-123  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  31.58 
 
 
1035 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3543  type I restriction-modification system restriction subunit  48.68 
 
 
366 aa  256  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.24 
 
 
1035 aa  125  4e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.93 
 
 
986 aa  121  7e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 
1032 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.48 
 
 
1032 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  25.45 
 
 
1289 aa  119  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.3 
 
 
1023 aa  116  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.51 
 
 
1030 aa  114  7.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.97 
 
 
1044 aa  113  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  26.57 
 
 
1051 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  23.45 
 
 
1031 aa  113  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  26.33 
 
 
1060 aa  112  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.37 
 
 
1044 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.09 
 
 
1003 aa  112  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.18 
 
 
1041 aa  108  4e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.93 
 
 
1097 aa  108  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.49 
 
 
1060 aa  108  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.43 
 
 
1012 aa  107  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.04 
 
 
967 aa  107  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.04 
 
 
967 aa  107  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.66 
 
 
1046 aa  107  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.92 
 
 
1006 aa  107  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.1 
 
 
1096 aa  105  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.18 
 
 
1092 aa  105  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  23.27 
 
 
1088 aa  105  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.59 
 
 
1074 aa  103  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.02 
 
 
1022 aa  102  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.02 
 
 
1022 aa  102  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.8 
 
 
1029 aa  102  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.75 
 
 
1072 aa  102  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.46 
 
 
1070 aa  102  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  27.97 
 
 
984 aa  101  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.64 
 
 
1060 aa  101  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.27 
 
 
1024 aa  100  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.42 
 
 
1084 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.77 
 
 
1028 aa  99.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  23.83 
 
 
1061 aa  99.8  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.42 
 
 
1020 aa  99  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  24.28 
 
 
1210 aa  98.6  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.73 
 
 
1079 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.14 
 
 
984 aa  96.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.76 
 
 
1003 aa  96.3  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.12 
 
 
1042 aa  96.3  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>