More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1453 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 480 aa  961    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  97.56 
 
 		 478 aa  884    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  65.31 
 
 		 489 aa  607  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  62.95 
 
 		 483 aa  544  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  54.46 
 
 		 463 aa  475  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  54.02 
 
 		 518 aa  464  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  52.64 
 
 		 488 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.13 
 
 		 460 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  51.01 
 
 		 487 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  52.62 
 
 		 497 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  50.79 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  52.62 
 
 		 488 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.12 
 
 		 522 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.67 
 
 		 463 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  49.44 
 
 		 490 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  50.57 
 
 		 461 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  55.04 
 
 		 553 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.26 
 
 		 463 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.35 
 
 		 456 aa  349  5e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  44.54 
 
 		 472 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.25 
 
 		 461 aa  345  8e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  43.3 
 
 		 469 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  44.59 
 
 		 472 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.61 
 
 		 472 aa  339  8e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.16 
 
 		 455 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  43.71 
 
 		 438 aa  336  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  40.78 
 
 		 452 aa  323  3e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  40.56 
 
 		 456 aa  322  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.33 
 
 		 538 aa  317  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  39.25 
 
 		 472 aa  317  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.43 
 
 		 464 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.34 
 
 		 517 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.57 
 
 		 428 aa  237  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.47 
 
 		 497 aa  231  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.73 
 
 		 485 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.17 
 
 		 494 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.97 
 
 		 462 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.62 
 
 		 497 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.49 
 
 		 477 aa  212  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.18 
 
 		 405 aa  206  9e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.39 
 
 		 462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34.08 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.08 
 
 		 466 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  33.18 
 
 		 456 aa  197  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.67 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.7 
 
 		 492 aa  197  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.1 
 
 		 460 aa  196  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.35 
 
 		 465 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.64 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.77 
 
 		 562 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.89 
 
 		 464 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.53 
 
 		 446 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.4 
 
 		 538 aa  140  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.71 
 
 		 449 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  31.34 
 
 		 423 aa  139  7.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  28.66 
 
 		 432 aa  133  7.999999999999999e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.65 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.65 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000668163 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  28.97 
 
 		 470 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  28.34 
 
 		 494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.64 
 
 		 445 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  28.25 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.25 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  28.25 
 
 		 495 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  28.25 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  28.25 
 
 		 495 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  28.25 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  28.25 
 
 		 493 aa  114  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  27.51 
 
 		 497 aa  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  28.37 
 
 		 489 aa  113  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  28.03 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.58 
 
 		 471 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  28.14 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  28.14 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  27.8 
 
 		 495 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  28.14 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  28.14 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  26.21 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.81 
 
 		 471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.04 
 
 		 471 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.04 
 
 		 471 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.71 
 
 		 442 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  28.98 
 
 		 463 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  24.03 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  29.47 
 
 		 479 aa  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  28.16 
 
 		 464 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  28.16 
 
 		 464 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.24 
 
 		 475 aa  106  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  28.07 
 
 		 463 aa  106  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.76 
 
 		 446 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.16 
 
 		 431 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.19 
 
 		 461 aa  104  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.6 
 
 		 470 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.03 
 
 		 477 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.53 
 
 		 471 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.91 
 
 		 636 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.7 
 
 		 470 aa  102  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.24 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  27.96 
 
 		 465 aa  101  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.8 
 
 		 501 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>