194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1433 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1433  Radical SAM domain protein  100 
 
 
395 aa  793    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.908326 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1080  radical SAM family protein  67.69 
 
 
386 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981176  normal  0.301506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1206  radical SAM family protein  67.6 
 
 
393 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.649327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0922  radical SAM domain-containing protein  70.25 
 
 
387 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.56559  normal  0.49234 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2600  DNA repair photolyase  65.56 
 
 
386 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.64054  normal  0.361396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4362  radical SAM family protein  67.69 
 
 
387 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1225  Radical SAM domain protein  63.47 
 
 
386 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.931656  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3222  radical SAM family protein  65.46 
 
 
387 aa  487  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0387  hypothetical protein  67.91 
 
 
390 aa  481  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0399  hypothetical protein  67.62 
 
 
390 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0508  radical SAM domain-containing protein  66.19 
 
 
390 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1946  radical SAM domain-containing protein  68.19 
 
 
437 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0704  radical SAM family protein  67.16 
 
 
384 aa  474  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.503182  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2341  hypothetical protein  63.04 
 
 
377 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0452  radical SAM domain-containing protein  65.04 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.290609 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0937  hypothetical protein  65.98 
 
 
385 aa  454  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388526  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0517  Radical SAM domain protein  66.19 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.619466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0561  Radical SAM domain protein  64.76 
 
 
385 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1768  radical SAM domain-containing protein  61.79 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.938086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2104  Radical SAM domain protein  61.52 
 
 
380 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.124136  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0707  radical SAM domain-containing protein  59.89 
 
 
421 aa  431  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0399019  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6071  Radical SAM domain protein  62.18 
 
 
372 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1743  Radical SAM domain protein  63.64 
 
 
375 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.106017  normal  0.444535 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1469  radical SAM family protein  56.57 
 
 
360 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2549  radical SAM family protein  55.56 
 
 
362 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0742  radical SAM family protein  56.07 
 
 
361 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.669971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2161  radical SAM domain-containing protein  54.6 
 
 
373 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0231722 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1480  hypothetical protein  53.75 
 
 
356 aa  388  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0928  hypothetical protein  56.57 
 
 
375 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0587  radical SAM family protein  54.84 
 
 
392 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1066  radical SAM domain-containing protein  54.84 
 
 
392 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3517  Radical SAM domain protein  55.64 
 
 
390 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.546912  normal  0.918389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5416  radical SAM domain-containing protein  59.41 
 
 
378 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5254  radical SAM domain protein  54.87 
 
 
352 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0289  radical SAM family protein  54.6 
 
 
352 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2972  radical SAM domain-containing protein  54.3 
 
 
385 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1003  hypothetical protein  52.69 
 
 
381 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.850299 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2190  radical SAM domain-containing protein  53.99 
 
 
373 aa  380  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.32306  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2980  Radical SAM domain protein  52.42 
 
 
381 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0187919 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2549  radical SAM domain-containing protein  54.3 
 
 
385 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.22398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0923  radical SAM domain-containing protein  54.3 
 
 
385 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0015  Radical SAM domain protein  54.6 
 
 
363 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.811476  hitchhiker  0.00130653 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2923  radical SAM domain-containing protein  54.3 
 
 
385 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0224  radical SAM domain-containing protein  54.3 
 
 
385 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1025  radical SAM domain-containing protein  54.55 
 
 
388 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0406  radical SAM domain-containing protein  54.38 
 
 
374 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2545  radical SAM family protein  52.19 
 
 
417 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4180  radical SAM family protein  53.67 
 
 
391 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05793  radical SAM domain protein  55.76 
 
 
375 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1658  radical SAM domain-containing protein  54.79 
 
 
376 aa  378  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1266  radical SAM family protein  54.44 
 
 
360 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.249898 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2237  radical SAM domain-containing protein  53.62 
 
 
392 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2862  radical SAM domain-containing protein  54.63 
 
 
383 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22952  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0799  Radical SAM domain protein  55.22 
 
 
374 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.737474  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0708  radical SAM domain-containing protein  54.89 
 
 
362 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4466  radical SAM domain-containing protein  53.76 
 
 
353 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2123  radical SAM domain-containing protein  56.32 
 
 
362 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0946  radical SAM domain-containing protein  53.18 
 
 
392 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0942  radical SAM domain-containing protein  53.18 
 
 
392 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0798  radical SAM domain-containing protein  56.61 
 
 
362 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1060  Radical SAM domain protein  55.72 
 
 
361 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0870  Radical SAM domain protein  54.63 
 
 
374 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0400323  normal  0.723126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0117  radical SAM domain-containing protein  55.12 
 
 
352 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.190485 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0767  radical SAM domain-containing protein  51.27 
 
 
386 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.338567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3675  radical SAM domain-containing protein  55.49 
 
 
371 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.852388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0113  radical SAM domain-containing protein  55.96 
 
 
352 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000412834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0547  radical SAM domain-containing protein  55.82 
 
 
362 aa  364  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0099  radical SAM domain protein  55.05 
 
 
352 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0290614 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1617  radical SAM family protein  50.67 
 
 
415 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0114  radical SAM domain-containing protein  55.11 
 
 
352 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0083  radical SAM family protein  56.46 
 
 
352 aa  362  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0556  Radical SAM domain protein  57.28 
 
 
359 aa  358  7e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0398  radical SAM domain-containing protein  50.86 
 
 
372 aa  356  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4095  radical SAM domain-containing protein  53.07 
 
 
362 aa  355  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.138855  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3325  radical SAM family protein  49.44 
 
 
368 aa  351  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000113455 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3951  radical SAM domain-containing protein  52.59 
 
 
360 aa  348  7e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2509  hypothetical protein  51.85 
 
 
366 aa  346  4e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.690045 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2212  hypothetical protein  54.72 
 
 
325 aa  345  5e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00810  putative DNA repair photolyase  52.4 
 
 
352 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1693  Radical SAM domain protein  51.27 
 
 
364 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637102  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3135  radical SAM family protein  47.78 
 
 
365 aa  337  2.9999999999999997e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.057986 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1181  radical SAM family protein  54.27 
 
 
362 aa  330  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0204222  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1773  radical SAM family protein  50.42 
 
 
378 aa  328  8e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2176  radical SAM domain-containing protein  47.5 
 
 
372 aa  319  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1500  radical SAM family protein  47.84 
 
 
358 aa  317  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2403  radical SAM domain-containing protein  47.44 
 
 
389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195467  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2293  Radical SAM domain protein  45 
 
 
385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.972622  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2803  radical SAM domain-containing protein  44.57 
 
 
402 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.246146 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1419  radical SAM domain-containing protein  48.43 
 
 
359 aa  301  9e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03695  radical SAM domain protein  42.35 
 
 
356 aa  290  4e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1071  Radical SAM domain protein  42.37 
 
 
360 aa  289  8e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3138  radical SAM family protein  49.41 
 
 
355 aa  287  2e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1769  Radical SAM domain protein  46.06 
 
 
352 aa  286  5e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4284  Radical SAM domain protein  42.49 
 
 
352 aa  281  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.948479 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0334  Radical SAM domain protein  46.18 
 
 
357 aa  281  2e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4818  Radical SAM domain protein  41.11 
 
 
350 aa  280  4e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66643  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2459  hypothetical protein  40.64 
 
 
354 aa  277  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0853217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1137  Radical SAM domain protein  38.86 
 
 
357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.712968  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2814  Radical SAM domain protein  43.3 
 
 
343 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2719  Radical SAM domain protein  43.3 
 
 
343 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>