More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1128 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  100 
 
 		 196 aa  394  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  75.28 
 
 		 193 aa  266  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  63.01 
 
 		 171 aa  226  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  63.58 
 
 		 171 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  63.58 
 
 		 171 aa  226  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  63.53 
 
 		 175 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  62.94 
 
 		 175 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  61.76 
 
 		 175 aa  222  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  63.64 
 
 		 175 aa  222  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  60.12 
 
 		 171 aa  216  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  61.36 
 
 		 187 aa  217  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  61.18 
 
 		 175 aa  214  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  60.69 
 
 		 171 aa  214  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  60.59 
 
 		 174 aa  214  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  61.76 
 
 		 172 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  60.12 
 
 		 171 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  63.16 
 
 		 175 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  62.35 
 
 		 173 aa  204  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  61.73 
 
 		 176 aa  202  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  56.65 
 
 		 168 aa  201  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  55.56 
 
 		 175 aa  201  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  60 
 
 		 173 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  56.65 
 
 		 168 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  56.21 
 
 		 187 aa  198  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  56.21 
 
 		 187 aa  198  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  61.01 
 
 		 173 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  54.34 
 
 		 182 aa  194  8.000000000000001e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  54.34 
 
 		 168 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  53.45 
 
 		 172 aa  191  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  54.34 
 
 		 168 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  54.34 
 
 		 168 aa  187  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  55.88 
 
 		 177 aa  187  9e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  53.89 
 
 		 168 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  53.53 
 
 		 168 aa  184  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  50.59 
 
 		 171 aa  184  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  56.35 
 
 		 177 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  50.87 
 
 		 168 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  50.87 
 
 		 168 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  54.12 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  50.87 
 
 		 168 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  50.87 
 
 		 168 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  58.05 
 
 		 172 aa  180  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  55.29 
 
 		 169 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  50.85 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  54.71 
 
 		 178 aa  179  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  57.8 
 
 		 169 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  50.88 
 
 		 177 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  50.88 
 
 		 177 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  53.29 
 
 		 173 aa  177  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  52.63 
 
 		 174 aa  176  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  50 
 
 		 171 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  50 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  52.1 
 
 		 187 aa  176  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  51.46 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  56.79 
 
 		 170 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  52.3 
 
 		 171 aa  174  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  51.45 
 
 		 167 aa  174  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  52.35 
 
 		 169 aa  174  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  52.6 
 
 		 167 aa  174  7e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  52.94 
 
 		 170 aa  174  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  52.94 
 
 		 170 aa  174  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  56.13 
 
 		 173 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  50.29 
 
 		 167 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  53.8 
 
 		 167 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  53.8 
 
 		 167 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  51.18 
 
 		 174 aa  172  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  50.88 
 
 		 167 aa  170  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  52.1 
 
 		 171 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  51.52 
 
 		 168 aa  170  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  54.6 
 
 		 188 aa  170  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  54.43 
 
 		 173 aa  170  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  52.1 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  52.47 
 
 		 169 aa  169  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  51.5 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  52.6 
 
 		 167 aa  168  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  51.72 
 
 		 169 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  53.05 
 
 		 174 aa  168  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  50.88 
 
 		 167 aa  168  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  51.15 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  51.15 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  50.29 
 
 		 167 aa  167  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  51.15 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  50.29 
 
 		 167 aa  167  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  50.29 
 
 		 167 aa  167  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  50.29 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  51.19 
 
 		 170 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  48.57 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  51.15 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  51.23 
 
 		 168 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>