More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1117 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  72.41 
 
 		 572 aa  851    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 585 aa  1178    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4074  TPR repeat-containing protein  55.04 
 
 		 622 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2747  TPR repeat-containing protein  54.45 
 
 		 617 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538174  normal  0.232228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3305  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  51.55 
 
 		 633 aa  588  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.68435  normal  0.412793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3430  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  50.34 
 
 		 633 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3111  TPR repeat-containing protein  50.34 
 
 		 631 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4380  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  52.67 
 
 		 619 aa  568  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.842579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  49 
 
 		 579 aa  533  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  49.81 
 
 		 593 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  47.96 
 
 		 617 aa  523  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  48.76 
 
 		 593 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  47.38 
 
 		 594 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  47.91 
 
 		 592 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  48.35 
 
 		 592 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  48.95 
 
 		 583 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  39.86 
 
 		 621 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  42.42 
 
 		 595 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  39.93 
 
 		 621 aa  382  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  39.93 
 
 		 621 aa  383  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  37.78 
 
 		 607 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  38.65 
 
 		 619 aa  365  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  35.81 
 
 		 610 aa  353  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.18 
 
 		 610 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  37.5 
 
 		 677 aa  346  6e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0382  TPR repeat-containing protein  33.4 
 
 		 576 aa  298  1e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  35.96 
 
 		 572 aa  290  7e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  36.99 
 
 		 566 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  35.33 
 
 		 599 aa  282  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 566 aa  277  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  35.48 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  34.1 
 
 		 566 aa  259  9e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  38.07 
 
 		 425 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2187  TPR repeat-containing protein  34.99 
 
 		 571 aa  241  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  33.46 
 
 		 642 aa  229  9e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1284  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 		 612 aa  223  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2662  tetratricopeptide domain-containing protein  33.94 
 
 		 557 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0513511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4107  TPR repeat-containing protein  32.11 
 
 		 552 aa  181  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2168  TPR repeat-containing protein  38.06 
 
 		 573 aa  174  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.28547  normal  0.066147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 573 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 594 aa  130  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.56 
 
 		 557 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.77 
 
 		 572 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2645  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.34 
 
 		 572 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000110346  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  25.94 
 
 		 567 aa  126  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.44 
 
 		 722 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  33.59 
 
 		 573 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  29.58 
 
 		 586 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.59 
 
 		 566 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  29.44 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  23.56 
 
 		 568 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.42 
 
 		 553 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  25.42 
 
 		 603 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 		 607 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  29.03 
 
 		 606 aa  105  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  30.8 
 
 		 613 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  26.69 
 
 		 562 aa  104  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  30.15 
 
 		 632 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1186  tetratricopeptide TPR_2  39.42 
 
 		 482 aa  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0407507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  30.1 
 
 		 609 aa  103  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 		 572 aa  103  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  28.19 
 
 		 573 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  39.85 
 
 		 494 aa  102  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 607 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 607 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  35.38 
 
 		 638 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.81 
 
 		 571 aa  100  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  28.51 
 
 		 607 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 607 aa  100  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  28.51 
 
 		 607 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  28.51 
 
 		 607 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 613 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 		 594 aa  99  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  27.95 
 
 		 613 aa  99.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  29.72 
 
 		 551 aa  98.6  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 581 aa  97.8  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  36.91 
 
 		 591 aa  96.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  28.45 
 
 		 573 aa  95.5  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  28.12 
 
 		 587 aa  95.1  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.12 
 
 		 804 aa  95.5  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  30.29 
 
 		 590 aa  93.6  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  30.18 
 
 		 575 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.31 
 
 		 564 aa  91.3  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.3 
 
 		 563 aa  90.5  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  26.92 
 
 		 520 aa  90.1  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  28.63 
 
 		 584 aa  90.1  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  35.11 
 
 		 495 aa  89  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 592 aa  88.6  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 		 584 aa  88.6  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  31.85 
 
 		 559 aa  87.4  6e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 574 aa  87.4  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.51 
 
 		 599 aa  87.4  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  30.95 
 
 		 559 aa  87.4  7e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  35.16 
 
 		 616 aa  87.4  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>