249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1104 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
85 aa  168  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  79.01 
 
 
113 aa  129  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.71 
 
 
84 aa  105  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.71 
 
 
84 aa  105  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.71 
 
 
84 aa  105  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  68.06 
 
 
88 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  68.06 
 
 
88 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  65.75 
 
 
93 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.22 
 
 
94 aa  97.8  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  69.01 
 
 
94 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.82 
 
 
83 aa  97.1  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.45 
 
 
86 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.84 
 
 
88 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.79 
 
 
86 aa  94  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  65.33 
 
 
97 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.51 
 
 
83 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.51 
 
 
83 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.16 
 
 
83 aa  92.8  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.75 
 
 
84 aa  92.4  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.84 
 
 
83 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.67 
 
 
83 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.84 
 
 
83 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.84 
 
 
83 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.16 
 
 
87 aa  90.9  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.84 
 
 
83 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.53 
 
 
83 aa  88.6  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.53 
 
 
82 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.49 
 
 
84 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  51.28 
 
 
80 aa  83.2  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.05 
 
 
81 aa  82  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
80 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.94 
 
 
105 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
122 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
83 aa  72.4  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.52 
 
 
79 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.78 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.68 
 
 
79 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.68 
 
 
79 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.32 
 
 
88 aa  64.3  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
86 aa  63.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.27 
 
 
76 aa  61.6  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.24 
 
 
85 aa  60.1  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0847  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.550336 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.45 
 
 
149 aa  58.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16330  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
95 aa  57.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.02 
 
 
90 aa  57  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.77 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.77 
 
 
76 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  50.94 
 
 
77 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22980  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
104 aa  54.3  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.435723  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.61 
 
 
85 aa  54.7  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.76 
 
 
78 aa  54.7  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.6177  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.17 
 
 
84 aa  53.9  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2836  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.08 
 
 
76 aa  53.9  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0182244  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2037  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
78 aa  53.9  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.89 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
81 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
112 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.15 
 
 
89 aa  53.1  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000028975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.06 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
85 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
88 aa  52.8  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.12 
 
 
70 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.91 
 
 
79 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4390  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.43 
 
 
89 aa  52.4  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.86848  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.23 
 
 
70 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.28 
 
 
81 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
82 aa  52  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
79 aa  52  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
93 aa  51.6  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
82 aa  52  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
85 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 
105 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.37 
 
 
68 aa  51.2  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.1 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
75 aa  51.2  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3879  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
89 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
75 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
81 aa  51.2  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
104 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
104 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26440  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.97 
 
 
91 aa  50.8  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.102851  normal  0.416491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0937  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.37 
 
 
92 aa  50.8  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.34 
 
 
83 aa  50.4  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
88 aa  50.8  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.1 
 
 
80 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.1 
 
 
80 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>