87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1092 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  100 
 
 
333 aa  669    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  61.69 
 
 
361 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  54.49 
 
 
369 aa  343  2.9999999999999997e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  54.33 
 
 
357 aa  329  4e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  45.45 
 
 
329 aa  263  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  40.38 
 
 
358 aa  235  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  40.83 
 
 
331 aa  230  2e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  41.64 
 
 
306 aa  230  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  41.64 
 
 
329 aa  223  3e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  40.8 
 
 
306 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  41.13 
 
 
269 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  39.45 
 
 
363 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  38.6 
 
 
272 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  37.14 
 
 
352 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  38.17 
 
 
313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  39.1 
 
 
675 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  38.64 
 
 
712 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  34.32 
 
 
317 aa  158  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  35.81 
 
 
721 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.15 
 
 
689 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  38.02 
 
 
304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  37.21 
 
 
309 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  37.6 
 
 
304 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  37.6 
 
 
304 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  37.6 
 
 
304 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  36.18 
 
 
694 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  38.11 
 
 
691 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  39.02 
 
 
675 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  33.45 
 
 
355 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  33.45 
 
 
355 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  33.45 
 
 
353 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  37.36 
 
 
773 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.98 
 
 
726 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  35.9 
 
 
669 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  33.1 
 
 
355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  41.07 
 
 
698 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  33.45 
 
 
355 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  33.1 
 
 
352 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  34.84 
 
 
721 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  31.88 
 
 
347 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.26 
 
 
699 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  33.45 
 
 
351 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  33.1 
 
 
351 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  33.1 
 
 
351 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  36.05 
 
 
310 aa  150  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  35.56 
 
 
282 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  33.33 
 
 
343 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  41.15 
 
 
728 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  39.64 
 
 
708 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
352 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  34.77 
 
 
327 aa  146  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  35.85 
 
 
291 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  33.21 
 
 
350 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  35.71 
 
 
293 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  31.8 
 
 
372 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  35.32 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  31.92 
 
 
343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  31.51 
 
 
346 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  34.66 
 
 
327 aa  136  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  33.46 
 
 
303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  35.74 
 
 
308 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  32.61 
 
 
337 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  35.74 
 
 
343 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  50 
 
 
125 aa  125  9e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  30.83 
 
 
311 aa  122  8e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  32 
 
 
407 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  31.6 
 
 
407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  36.14 
 
 
671 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  34.64 
 
 
181 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  30.58 
 
 
347 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  30.58 
 
 
347 aa  108  2e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  30.58 
 
 
347 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  27.15 
 
 
315 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  43.55 
 
 
139 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  41.91 
 
 
130 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  43.66 
 
 
79 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  36.59 
 
 
300 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  33.71 
 
 
145 aa  53.9  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  35.53 
 
 
294 aa  47.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  35.53 
 
 
294 aa  47.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  25.81 
 
 
288 aa  47  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  28.29 
 
 
270 aa  47  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  34.57 
 
 
268 aa  46.2  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  28.57 
 
 
350 aa  46.6  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  31.71 
 
 
296 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.72 
 
 
332 aa  45.8  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  31.54 
 
 
632 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>