More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0966 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
354 aa  692  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  58.61 
 
 
337 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  60.25 
 
 
320 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  60.5 
 
 
335 aa  358  8e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  57.41 
 
 
321 aa  348  8e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  55 
 
 
320 aa  321  1e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  55 
 
 
320 aa  321  1e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  55 
 
 
320 aa  320  2e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  56.15 
 
 
320 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 
313 aa  206  5e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  40.53 
 
 
313 aa  203  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5129  transcriptional regulator, AraC family  43.91 
 
 
326 aa  196  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.95 
 
 
330 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 
335 aa  154  3e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 
337 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.02 
 
 
347 aa  149  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.02 
 
 
347 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.02 
 
 
347 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.21 
 
 
336 aa  149  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.62 
 
 
325 aa  149  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  32.59 
 
 
331 aa  147  2e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 
341 aa  146  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 
332 aa  142  7e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 
335 aa  141  2e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 
323 aa  140  2e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 
342 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
324 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 
313 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27.18 
 
 
321 aa  132  1e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.13 
 
 
340 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.61 
 
 
345 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 
326 aa  128  1e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 
345 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 
345 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 
342 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 
345 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.18 
 
 
326 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 
330 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 
351 aa  122  1e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 
316 aa  121  2e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  27.64 
 
 
329 aa  121  2e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 
327 aa  120  4e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 
341 aa  120  5e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 
331 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 
324 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  28.12 
 
 
324 aa  119  8e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 
333 aa  118  1e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 
340 aa  117  2e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.51 
 
 
320 aa  118  2e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
314 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  33.12 
 
 
347 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
330 aa  117  4e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.87 
 
 
361 aa  117  4e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 
324 aa  117  4e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 
326 aa  116  5e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
332 aa  116  7e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  29.72 
 
 
335 aa  115  9e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  32.49 
 
 
344 aa  114  2e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 
326 aa  115  2e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 
330 aa  114  2e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  29.47 
 
 
331 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 
346 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
285 aa  113  4e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.88 
 
 
336 aa  113  4e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
313 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 
333 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.9 
 
 
327 aa  113  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 
338 aa  112  8e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  31.01 
 
 
334 aa  112  1e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 
333 aa  112  1e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 
360 aa  111  1e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  28.96 
 
 
332 aa  112  1e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  32.29 
 
 
337 aa  111  2e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 
346 aa  111  2e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 
334 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 
348 aa  110  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 
334 aa  110  4e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 
336 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 
332 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  29.43 
 
 
334 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  31.79 
 
 
315 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  28.53 
 
 
331 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 
334 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  28.65 
 
 
361 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 
306 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.72 
 
 
325 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4043  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 
321 aa  107  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 
320 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 
299 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
338 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 
327 aa  106  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
333 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  30.09 
 
 
320 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
341 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
341 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
315 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  30.09 
 
 
320 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  30.97 
 
 
338 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 
322 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  30.09 
 
 
320 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>