More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0909 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  52.08 
 
 		 780 aa  740    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 805 aa  1568    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  50.51 
 
 		 774 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  52.99 
 
 		 773 aa  724    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  52.99 
 
 		 751 aa  708    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  39.32 
 
 		 801 aa  490  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 		 803 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  51.76 
 
 		 767 aa  372  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  33.29 
 
 		 833 aa  343  1e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 		 819 aa  318  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  32.35 
 
 		 829 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 681 aa  307  6e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  30.16 
 
 		 720 aa  289  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  32.4 
 
 		 772 aa  286  1.0000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  32.37 
 
 		 775 aa  284  5.000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  32.65 
 
 		 763 aa  284  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  32.24 
 
 		 775 aa  283  9e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.55 
 
 		 745 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 		 733 aa  256  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 793 aa  202  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  27.53 
 
 		 717 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  38.58 
 
 		 794 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  39.11 
 
 		 784 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  38.65 
 
 		 779 aa  197  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  26 
 
 		 789 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  30.25 
 
 		 781 aa  183  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.11 
 
 		 781 aa  180  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  26.62 
 
 		 728 aa  179  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.59 
 
 		 787 aa  177  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  36.82 
 
 		 751 aa  171  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.96 
 
 		 783 aa  169  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.64 
 
 		 752 aa  168  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.12 
 
 		 738 aa  169  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  36.33 
 
 		 766 aa  167  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  36.42 
 
 		 686 aa  167  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  26.82 
 
 		 793 aa  163  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  33.02 
 
 		 740 aa  161  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  27.85 
 
 		 748 aa  159  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  25.56 
 
 		 750 aa  155  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  29.97 
 
 		 686 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 686 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  29.97 
 
 		 686 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 686 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  30.82 
 
 		 686 aa  149  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.41 
 
 		 804 aa  148  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  29.65 
 
 		 799 aa  146  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  33.44 
 
 		 771 aa  146  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  32.62 
 
 		 660 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  33.85 
 
 		 640 aa  143  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.71 
 
 		 776 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  25.76 
 
 		 654 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  33.84 
 
 		 704 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  26.18 
 
 		 654 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  32.14 
 
 		 810 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  34.11 
 
 		 640 aa  142  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  32.01 
 
 		 655 aa  142  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  34.73 
 
 		 774 aa  141  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  25.61 
 
 		 650 aa  141  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 696 aa  141  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  33.63 
 
 		 705 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 		 710 aa  140  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  33.03 
 
 		 705 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  31.58 
 
 		 775 aa  139  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  33.53 
 
 		 704 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  30.62 
 
 		 675 aa  138  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  31 
 
 		 697 aa  138  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 706 aa  138  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  33.53 
 
 		 703 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  31.8 
 
 		 711 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  33.53 
 
 		 702 aa  137  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  28.29 
 
 		 892 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.66 
 
 		 705 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  32.47 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.06 
 
 		 672 aa  135  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 724 aa  135  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  33.44 
 
 		 662 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 		 700 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 		 700 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 689 aa  134  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  30 
 
 		 805 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 774 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  33.33 
 
 		 774 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  29.13 
 
 		 904 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  31.53 
 
 		 703 aa  132  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  32.37 
 
 		 710 aa  132  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.56 
 
 		 707 aa  132  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.19 
 
 		 658 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  32.29 
 
 		 584 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.09 
 
 		 641 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.6 
 
 		 747 aa  131  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.25 
 
 		 902 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  34.88 
 
 		 696 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  28.36 
 
 		 897 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  32.77 
 
 		 702 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  31.77 
 
 		 584 aa  129  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  32.12 
 
 		 674 aa  129  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  29.56 
 
 		 753 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 		 682 aa  127  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  29.72 
 
 		 681 aa  127  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 		 635 aa  127  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>