112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0904 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 481 aa  982    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  46.9 
 
 		 502 aa  428  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  47.64 
 
 		 498 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  42.92 
 
 		 480 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  46.38 
 
 		 446 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  43.17 
 
 		 534 aa  363  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  44.12 
 
 		 490 aa  361  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 		 534 aa  359  6e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  43.41 
 
 		 522 aa  358  9e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  43.88 
 
 		 490 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  41.43 
 
 		 509 aa  355  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  43.65 
 
 		 481 aa  339  7e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  38.88 
 
 		 449 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  39.81 
 
 		 514 aa  307  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  39.43 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  35.94 
 
 		 473 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  36.94 
 
 		 494 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 492 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 514 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 514 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 495 aa  292  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  37.44 
 
 		 493 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  38.11 
 
 		 444 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  37.59 
 
 		 534 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  36.44 
 
 		 478 aa  281  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  37.5 
 
 		 483 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  35.7 
 
 		 507 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  34.82 
 
 		 488 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  35.22 
 
 		 474 aa  256  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  34.76 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  29.32 
 
 		 480 aa  148  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.15 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  26.2 
 
 		 417 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  26.59 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  26.1 
 
 		 396 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  26.34 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  26.1 
 
 		 422 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25.19 
 
 		 453 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  26.33 
 
 		 476 aa  101  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  24.08 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  26.46 
 
 		 456 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  23.35 
 
 		 454 aa  99.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.77 
 
 		 418 aa  98.2  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  25.77 
 
 		 418 aa  98.2  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  23.83 
 
 		 444 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  23.59 
 
 		 448 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  23.66 
 
 		 455 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  23.66 
 
 		 455 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.86 
 
 		 454 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  23.84 
 
 		 447 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  23.34 
 
 		 444 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  23.84 
 
 		 447 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  25.76 
 
 		 456 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  25.76 
 
 		 456 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  23.86 
 
 		 454 aa  94  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  23.61 
 
 		 447 aa  94  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  23.53 
 
 		 452 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.53 
 
 		 452 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 447 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  24.08 
 
 		 448 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  25.11 
 
 		 482 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  24.74 
 
 		 396 aa  88.2  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.01 
 
 		 425 aa  85.5  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.77 
 
 		 453 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  22.22 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  21.8 
 
 		 440 aa  80.5  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  23.05 
 
 		 490 aa  79  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  25.85 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  23.43 
 
 		 512 aa  78.6  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.36 
 
 		 485 aa  73.9  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  23.71 
 
 		 446 aa  73.2  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  23.95 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.84 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  24.84 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.1 
 
 		 486 aa  70.5  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  25.71 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  28.48 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  22.6 
 
 		 493 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 464 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  22.28 
 
 		 484 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  28.37 
 
 		 482 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  28.37 
 
 		 482 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  24.6 
 
 		 268 aa  51.2  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  27.88 
 
 		 476 aa  51.2  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  22.25 
 
 		 484 aa  50.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  27.93 
 
 		 482 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2383  hypothetical protein  40 
 
 		 167 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  24.28 
 
 		 452 aa  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.48 
 
 		 494 aa  48.5  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  21.84 
 
 		 492 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  26.38 
 
 		 522 aa  46.2  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  27.65 
 
 		 473 aa  46.2  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>