More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0682 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0682  riboflavin biosynthesis protein RibF  100 
 
 
329 aa  651    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.303774 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1327  riboflavin biosynthesis protein RibF  64.35 
 
 
326 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.586967  normal  0.980544 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0201  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  51.96 
 
 
315 aa  281  8.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0180  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  51.96 
 
 
329 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.01321  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1843  riboflavin biosynthesis protein RibF  49.68 
 
 
316 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18679  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1717  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  47.52 
 
 
326 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00388898  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3030  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  50.32 
 
 
329 aa  276  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2222  riboflavin biosynthesis protein RibF  50.47 
 
 
321 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0473  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  49.67 
 
 
327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184681  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0886  riboflavin biosynthesis protein RibF  51.13 
 
 
328 aa  265  8e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0518  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  49.35 
 
 
327 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.827373  normal  0.357922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3161  riboflavin biosynthesis protein RibF  48.14 
 
 
327 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5826  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  50.33 
 
 
326 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.575935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4186  riboflavin biosynthesis protein RibF  50.52 
 
 
322 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4040  riboflavin biosynthesis protein RibF  50.17 
 
 
322 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.192366 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0411  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  50 
 
 
327 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.785003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4863  riboflavin biosynthesis protein RibF  49.15 
 
 
322 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1399  riboflavin biosynthesis protein RibF  48.14 
 
 
323 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.804257  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0424  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  50.16 
 
 
330 aa  259  6e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2541  riboflavin kinase / FAD synthetase  50.33 
 
 
327 aa  257  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0389  riboflavin biosynthesis protein RibF  51.47 
 
 
338 aa  255  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.906535  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0453  riboflavin biosynthesis protein RibF  50.5 
 
 
337 aa  252  6e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.118027  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0420  riboflavin biosynthesis protein RibF  50.17 
 
 
355 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.506941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0490  riboflavin biosynthesis protein RibF  49.5 
 
 
337 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74027  normal  0.434429 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0641  riboflavin biosynthesis protein RibF  46.62 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3785  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  45.25 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0688887 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2965  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  45.19 
 
 
317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0760879  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2358  riboflavin biosynthesis protein RibF  47.52 
 
 
309 aa  232  6e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.154524 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1163  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.46 
 
 
330 aa  231  1e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2958  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  44.82 
 
 
311 aa  229  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000229832  normal  0.359945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3137  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  44.82 
 
 
311 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00248689  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1181  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
306 aa  229  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1782  riboflavin biosynthesis protein RibF  46.65 
 
 
312 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0330041  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3047  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  47.89 
 
 
306 aa  228  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0533296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3040  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  44.48 
 
 
311 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00882094  normal  0.506862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3260  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  44.62 
 
 
307 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.853112  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3272  bifunctional riboflavin kinase and FMN adenylyltransferase  43.81 
 
 
310 aa  226  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.888007  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1058  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.85 
 
 
311 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0194718  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1856  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  46.56 
 
 
309 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0612  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  43.91 
 
 
314 aa  226  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.4803  normal  0.115533 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3533  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.85 
 
 
311 aa  225  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1053  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1155  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00349764  normal  0.220193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1120  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3236  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.440094  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2209  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  46.69 
 
 
306 aa  225  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1487  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.23 
 
 
322 aa  225  8e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.038683  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4231  riboflavin biosynthesis protein RibF  42.57 
 
 
309 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00638553  hitchhiker  0.0000216141 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1098  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.85 
 
 
311 aa  225  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0105422  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2118  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  40.12 
 
 
352 aa  224  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03031  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.1 
 
 
289 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0128028  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2891  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.69 
 
 
311 aa  224  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831946  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004420  riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.14 
 
 
294 aa  223  3e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0885612  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1082  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.134006  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0188  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  41.23 
 
 
314 aa  223  4e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3662  riboflavin biosynthesis protein RibF  44.41 
 
 
309 aa  223  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3215  riboflavin biosynthesis protein RibF  45.48 
 
 
308 aa  222  7e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0923  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.48 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0290766  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0213  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  44.33 
 
 
322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227135  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00979  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.33 
 
 
311 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1375  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.6 
 
 
308 aa  218  7.999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3179  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.94 
 
 
308 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.422669  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0579  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  41.31 
 
 
310 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0112657  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2927  riboflavin biosynthesis protein  43.89 
 
 
317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0456269 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1193  riboflavin biosynthesis protein RibF  42.47 
 
 
311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000237633  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1290  riboflavin biosynthesis protein RibF  42 
 
 
311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000080021  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0709  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  44.59 
 
 
314 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0200  riboflavin biosynthesis protein RibF  42.86 
 
 
313 aa  216  4e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2686  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.82 
 
 
320 aa  216  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000517202  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1124  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  46.18 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0979  riboflavin biosynthesis protein RibF  45.98 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0861  riboflavin biosynthesis protein RibF  43.52 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.204041  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4028  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.18 
 
 
338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2384  riboflavin biosynthesis protein RibF  42.67 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2304  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  45.66 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.86814  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2724  riboflavin biosynthesis protein RibF  42.76 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103356  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2599  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.27 
 
 
323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3260  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.34 
 
 
356 aa  213  4.9999999999999996e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2972  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.12 
 
 
314 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2123  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.49 
 
 
322 aa  212  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.488917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2196  riboflavin biosynthesis protein RibF  44.69 
 
 
306 aa  211  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2079  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.17 
 
 
322 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2035  FMN adenylyltransferase, riboflavin kinase  43.67 
 
 
310 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5201  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  44.21 
 
 
312 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3365  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  44.59 
 
 
307 aa  209  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0503  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.94 
 
 
320 aa  209  5e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2336  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.09 
 
 
332 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.532241  normal  0.131688 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1312  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.85 
 
 
312 aa  209  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.152669  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1388  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  37.5 
 
 
322 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.47229  normal  0.722394 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2725  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.62 
 
 
332 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1675  FMN adenylyltransferase  39.94 
 
 
345 aa  208  8e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3182  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.16 
 
 
312 aa  208  9e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.260327  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2457  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.65 
 
 
332 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0998  riboflavin biosynthesis protein RibF (riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase)  39.2 
 
 
328 aa  208  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0967  riboflavin biosynthesis protein RibF (riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase)  39.2 
 
 
328 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2151  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.48 
 
 
330 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60380  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  43.86 
 
 
312 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000478317 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0480  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  42.57 
 
 
355 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0805  riboflavin biosynthesis protein RibF  44.59 
 
 
308 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4052  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.18 
 
 
313 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.949701  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>