More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0630 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
569 aa  1128    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.09 
 
 
546 aa  504  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  47.2 
 
 
558 aa  483  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  45.88 
 
 
569 aa  472  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  44.33 
 
 
518 aa  413  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  43 
 
 
520 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.42 
 
 
531 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  43 
 
 
520 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.15 
 
 
541 aa  384  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.77 
 
 
538 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.43 
 
 
517 aa  342  8e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  41.03 
 
 
519 aa  329  6e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  37.64 
 
 
547 aa  323  4e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.22 
 
 
517 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.58 
 
 
523 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.28 
 
 
516 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.31 
 
 
526 aa  302  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.89 
 
 
517 aa  302  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.89 
 
 
517 aa  302  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.89 
 
 
503 aa  301  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  39.2 
 
 
506 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.22 
 
 
504 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.22 
 
 
504 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.27 
 
 
503 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.81 
 
 
504 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.95 
 
 
494 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.04 
 
 
502 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
486 aa  256  6e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.27 
 
 
486 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.37 
 
 
497 aa  254  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  36.42 
 
 
512 aa  253  7e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.56 
 
 
509 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.75 
 
 
493 aa  250  4e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
500 aa  244  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.53 
 
 
520 aa  243  5e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  32.16 
 
 
489 aa  244  5e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  32.29 
 
 
479 aa  242  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.97 
 
 
547 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  37.04 
 
 
479 aa  241  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
533 aa  238  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.93 
 
 
483 aa  236  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.34 
 
 
493 aa  236  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.02 
 
 
489 aa  232  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.58 
 
 
518 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
525 aa  230  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.1 
 
 
491 aa  230  6e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.75 
 
 
511 aa  229  9e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
482 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34 
 
 
490 aa  229  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.63 
 
 
492 aa  228  3e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.42 
 
 
504 aa  227  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.5 
 
 
479 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
483 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.54 
 
 
511 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
485 aa  225  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.24 
 
 
479 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.76 
 
 
492 aa  224  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
483 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  33.88 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.01 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.03 
 
 
517 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.58 
 
 
483 aa  221  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.87 
 
 
495 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.08 
 
 
512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.25 
 
 
532 aa  220  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.88 
 
 
513 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.48 
 
 
465 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.46 
 
 
521 aa  219  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
504 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.38 
 
 
481 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
501 aa  218  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.92 
 
 
560 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
480 aa  217  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.96 
 
 
464 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.56 
 
 
484 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.56 
 
 
484 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.06 
 
 
501 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.81 
 
 
487 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.75 
 
 
561 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
558 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  32.28 
 
 
483 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
561 aa  211  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
496 aa  210  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
496 aa  210  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.75 
 
 
488 aa  210  6e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
477 aa  210  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  32.6 
 
 
465 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.44 
 
 
472 aa  208  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.99 
 
 
461 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
496 aa  209  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.57 
 
 
479 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
515 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.3 
 
 
471 aa  207  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.38 
 
 
477 aa  207  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
471 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.68 
 
 
520 aa  206  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.57 
 
 
482 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
471 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.46 
 
 
537 aa  205  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.57 
 
 
483 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>