More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0576 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0576  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
92 aa  191  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1358  30S ribosomal protein S19  92.39 
 
 
92 aa  180  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.0314174 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2970  30S ribosomal protein S19  86.96 
 
 
92 aa  172  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1912  30S ribosomal protein S19  85.71 
 
 
92 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0596093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0349  30S ribosomal protein S19  84.62 
 
 
92 aa  169  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2530  30S ribosomal protein S19  84.62 
 
 
92 aa  168  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0365  30S ribosomal protein S19  84.62 
 
 
92 aa  168  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1720  30S ribosomal protein S19  84.62 
 
 
92 aa  168  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144462  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1942  30S ribosomal protein S19  82.61 
 
 
92 aa  168  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1549  30S ribosomal protein S19  84.62 
 
 
92 aa  167  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789846  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1683  ribosomal protein S19  82.42 
 
 
92 aa  167  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000325115  hitchhiker  0.0000106177 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1368  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  165  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.177351  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0253  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  165  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.802843  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2127  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  165  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.472693  normal  0.428993 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2444  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2166  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  165  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.183514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2299  30S ribosomal protein S19  81.52 
 
 
92 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  0.111603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1674  SSU ribosomal protein S19P  80.22 
 
 
92 aa  164  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2222  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  164  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.520995  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1434  30S ribosomal protein S19  82.42 
 
 
92 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0739133  normal  0.0341857 
 
 
-
 
NC_004310  BR1229  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  163  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0990  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  163  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.496511  normal  0.0261086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0589  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  163  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3663  30S ribosomal protein S19  80.43 
 
 
92 aa  163  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5066  30S ribosomal protein S19  81.52 
 
 
92 aa  163  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3180  30S ribosomal protein S19  80.43 
 
 
92 aa  163  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.97457  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0286  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  163  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1192  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.327389  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1336  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.665765  normal  0.112585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0763  30S ribosomal protein S19  78.02 
 
 
92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.039039  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1844  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  162  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00983892  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2684  30S ribosomal protein S19  78.02 
 
 
92 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116654  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3444  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  161  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1960  30S ribosomal protein S19  78.02 
 
 
92 aa  159  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019333  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0702  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000655429  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0670  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122055  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2740  ribosomal protein S19  77.17 
 
 
92 aa  156  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.148901  normal  0.251541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1618  30S ribosomal protein S19  75.82 
 
 
92 aa  154  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.421333  normal  0.310007 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1791  SSU ribosomal protein S19P  72.53 
 
 
92 aa  145  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.219827  normal  0.0847276 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1253  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 
92 aa  137  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0795171  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2814  30S ribosomal protein S19  68.13 
 
 
91 aa  133  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.311339  normal  0.435509 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0664  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 
94 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000545855  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1349  30S ribosomal protein S19  70.33 
 
 
90 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137865 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3991  ribosomal protein S19  69.32 
 
 
91 aa  130  9e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3334  30S ribosomal protein S19  64.84 
 
 
91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761945  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1827  30S ribosomal protein S19  66.3 
 
 
92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.476916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0409  30S ribosomal protein S19  67.03 
 
 
91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000987549  normal  0.134092 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2314  30S ribosomal protein S19  66.3 
 
 
92 aa  127  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000275126  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2273  30S ribosomal protein S19  66.3 
 
 
92 aa  127  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000681992  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2836  30S ribosomal protein S19  64.84 
 
 
91 aa  127  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000453521  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0851  SSU ribosomal protein S19P  63.74 
 
 
92 aa  127  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000892272  hitchhiker  0.0000772184 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2707  ribosomal protein S19  63.74 
 
 
93 aa  126  9.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00775426  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2946  30S ribosomal protein S19  63.74 
 
 
91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0382693  decreased coverage  0.000000116532 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3293  30S ribosomal protein S19  63.74 
 
 
91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000043477  hitchhiker  0.00000613779 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1281  ribosomal protein S19  67.05 
 
 
87 aa  126  1.0000000000000001e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0283  SSU ribosomal protein S19P  64.84 
 
 
91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000019413  hitchhiker  0.00000161799 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3165  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000403295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3640  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000927803  hitchhiker  0.0000000000150693 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3324  30S ribosomal protein S19  69.77 
 
 
93 aa  124  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000239735 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2628  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00158971  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1928  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000295141  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3772  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000265315  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3451  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000490482  decreased coverage  0.00387887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0253  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000113028  normal  0.0178687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3064  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000207611  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0331  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000218247  normal  0.0337389 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3482  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000804319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0937  30S ribosomal protein S19  69.77 
 
 
93 aa  124  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000587656  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0318  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000548079  decreased coverage  0.00231518 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0280  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000442981  normal  0.0699946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2755  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000407777  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3800  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238183  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0271  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00149939  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0352  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000694495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3742  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
91 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000490611  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0705  ribosomal protein S19  63.74 
 
 
91 aa  124  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000939134  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0111  30S ribosomal protein S19  63.64 
 
 
92 aa  124  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2770  ribosomal protein S19  64.44 
 
 
90 aa  124  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000879656  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2398  30S ribosomal protein S19  64.13 
 
 
92 aa  124  6e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0423225  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0217  30S ribosomal protein S19  61.54 
 
 
92 aa  123  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000102796  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4272  30S ribosomal protein S19  62.64 
 
 
91 aa  123  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000253887  unclonable  0.00000000000338266 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2061  ribosomal protein S19  61.11 
 
 
90 aa  123  9e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000159778  normal  0.210432 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0323  30S ribosomal protein S19  62.64 
 
 
91 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000170652  unclonable  0.0000000367695 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1350  30S ribosomal protein S19  62.22 
 
 
92 aa  122  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.760122  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3015  30S ribosomal protein S19  62.64 
 
 
91 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000505191  decreased coverage  0.00185866 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0235  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0200  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000160903  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0771  30S ribosomal protein S19  65.17 
 
 
93 aa  122  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18349  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4166  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4313  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000152177  unclonable  0.0000000000439739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0174  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186112  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4052  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000500624  unclonable  0.00000000000533461 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0204  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000147318  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0203  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000219443  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0198  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00349045  hitchhiker  0.00163948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0152  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4686  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000144856  unclonable  0.0000000151604 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1903  30S ribosomal protein S19  60.87 
 
 
92 aa  122  2e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3755  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000285402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0203  30S ribosomal protein S19  60.44 
 
 
92 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000108032  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>