More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0566 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0566  30S ribosomal protein S8  100 
 
 		 132 aa  270  6e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1368  30S ribosomal protein S8  93.18 
 
 		 132 aa  258  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.380373  normal  0.0838424 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4784  30S ribosomal protein S8  78.03 
 
 		 132 aa  221  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00859793  hitchhiker  0.0000000067379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1922  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.688198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0339  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2187  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.966556  normal  0.921197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2465  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2150  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  210  7e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1219  30S ribosomal protein S8  72.73 
 
 		 132 aa  209  9e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1182  30S ribosomal protein S8  72.73 
 
 		 132 aa  209  9e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.358375  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2204  ribosomal protein S8  76.15 
 
 		 131 aa  209  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1970  30S ribosomal protein S8  71.97 
 
 		 132 aa  208  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00042719  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1000  30S ribosomal protein S8  73.48 
 
 		 132 aa  207  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.361404  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1559  30S ribosomal protein S8  69.7 
 
 		 132 aa  206  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1444  30S ribosomal protein S8  72.73 
 
 		 132 aa  205  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.18582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1346  30S ribosomal protein S8  72.73 
 
 		 132 aa  205  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.000055965  normal  0.0735318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3653  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  204  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5056  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  204  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.589266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1378  30S ribosomal protein S8  69.7 
 
 		 132 aa  203  5e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62644  normal  0.800261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2309  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  203  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0143917  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3170  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  203  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623127  normal  0.454242 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3434  30S ribosomal protein S8  68.94 
 
 		 132 aa  202  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133502  normal  0.350498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1855  30S ribosomal protein S8  71.97 
 
 		 132 aa  200  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236028  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1664  30S ribosomal protein S8  69.7 
 
 		 132 aa  199  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0768138  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1729  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0813826  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0375  30S ribosomal protein S8  70.45 
 
 		 132 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2520  30S ribosomal protein S8  68.94 
 
 		 132 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0773  30S ribosomal protein S8  69.7 
 
 		 132 aa  193  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.590694  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2750  ribosomal protein S8  68.18 
 
 		 132 aa  191  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0659049  normal  0.320849 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0712  30S ribosomal protein S8  67.42 
 
 		 132 aa  190  7e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0273003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1628  30S ribosomal protein S8  65.91 
 
 		 132 aa  186  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.569201  normal  0.282916 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1781  SSU ribosomal protein S8P  67.94 
 
 		 132 aa  186  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0284489  normal  0.0855864 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0268  30S ribosomal protein S8  66.92 
 
 		 130 aa  180  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0501606  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2674  30S ribosomal protein S8  65.15 
 
 		 132 aa  179  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.169773  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0299  30S ribosomal protein S8  65.38 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.541435 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0605  30S ribosomal protein S8  62.31 
 
 		 130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2980  30S ribosomal protein S8  60.61 
 
 		 132 aa  171  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1339  30S ribosomal protein S8  63.64 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1263  30S ribosomal protein S8  62.12 
 
 		 131 aa  167  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476198  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1932  30S ribosomal protein S8  62.31 
 
 		 130 aa  166  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.64721  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2804  30S ribosomal protein S8  63.43 
 
 		 134 aa  163  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.804499  normal  0.451487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3895  30S ribosomal protein S8  57.58 
 
 		 130 aa  154  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000590966  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0468  30S ribosomal protein S8  57.58 
 
 		 130 aa  151  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00000537928  hitchhiker  0.00000317372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0498  30S ribosomal protein S8  57.58 
 
 		 130 aa  151  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000149249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0501  30S ribosomal protein S8  57.58 
 
 		 130 aa  151  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000611084  normal  0.097534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4735  30S ribosomal protein S8  56.82 
 
 		 130 aa  150  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000117347  normal  0.480985 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0640  ribosomal protein S8  56.06 
 
 		 130 aa  150  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000305932  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4534  30S ribosomal protein S8  56.06 
 
 		 130 aa  150  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000327382  normal  0.123392 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5065  30S ribosomal protein S8  56.06 
 
 		 130 aa  149  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000451262  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08990  30S ribosomal protein S8  54.55 
 
 		 130 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000305934  normal  0.17912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0333  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  147  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000752194  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0615  30S ribosomal protein S8  53.44 
 
 		 131 aa  148  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0938448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0851  30S ribosomal protein S8  54.55 
 
 		 189 aa  147  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000583772  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0395  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 131 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00245288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0387  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 131 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000185574  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0435  SSU ribosomal protein S8P  54.55 
 
 		 130 aa  145  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0495353  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2311  30S ribosomal protein S8  53.44 
 
 		 131 aa  144  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0101074  normal  0.226186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1036  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 131 aa  144  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000159627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0440  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 132 aa  144  6e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106924  hitchhiker  0.0000987465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0489  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  143  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000854539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3324  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  142  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3935  ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  142  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5056  ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 131 aa  142  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00882416  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4229  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 		 131 aa  142  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00128443  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0973  30S ribosomal protein S8  53.79 
 
 		 130 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000165521  hitchhiker  0.000000973471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0227  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  141  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000103227  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0733  30S ribosomal protein S8  51.52 
 
 		 130 aa  140  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00108537  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0334  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  140  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000103559  hitchhiker  0.000409506 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0309  ribosomal protein S8  48.09 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000138309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3303  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0633742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3165  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000492861  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2825  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00378169  normal  0.194655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3010  30S ribosomal protein S8  51.88 
 
 		 133 aa  137  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0643705  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3429  SSU ribosomal protein S8P  51.91 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401313  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0341  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000242474  normal  0.012194 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0419  30S ribosomal protein S8  50.38 
 
 		 130 aa  137  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000465732  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2745  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000001061  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0281  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00164678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0290  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000392794  normal  0.0211044 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0362  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000109852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1938  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00217101  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3005  30S ribosomal protein S8  50.38 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00104823  normal  0.0533117 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2936  30S ribosomal protein S8  50.38 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000152051  hitchhiker  0.000000826655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3283  30S ribosomal protein S8  50.38 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000196614  hitchhiker  0.00000244921 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2618  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00463445  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3155  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0148132  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3762  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000826269  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0781  ribosomal protein S8  50.38 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000256719  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3054  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000128186  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0263  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000657656  hitchhiker  0.00182938 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3732  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000192873  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3492  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.107985  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3790  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.19991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3461  30S ribosomal protein S8  51.15 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000315626  decreased coverage  0.00455507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0328  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000354136  decreased coverage  0.00289436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3630  30S ribosomal protein S8  51.91 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000497619  decreased coverage  0.00000000000124793 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0472  30S ribosomal protein S8  50 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0407  ribosomal protein S8  48.85 
 
 		 130 aa  136  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000058536  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3622  30S ribosomal protein S8  48.85 
 
 		 130 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000167775  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3695  30S ribosomal protein S8  48.85 
 
 		 130 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.068441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>