264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0208 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  100 
 
 
405 aa  815  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  80.99 
 
 
388 aa  650  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  62.37 
 
 
382 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  63.78 
 
 
382 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  61.3 
 
 
392 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  61.84 
 
 
382 aa  491  1e-138  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  61.62 
 
 
384 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  61.58 
 
 
392 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  62.8 
 
 
395 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  61.98 
 
 
396 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  61.52 
 
 
384 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  61.52 
 
 
384 aa  476  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  61.58 
 
 
384 aa  470  1e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  62.57 
 
 
384 aa  446  1e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  56.88 
 
 
385 aa  441  1e-122  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  56.1 
 
 
385 aa  438  1e-122  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  56.88 
 
 
385 aa  439  1e-122  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  60.62 
 
 
389 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  55.09 
 
 
384 aa  428  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  56.84 
 
 
383 aa  425  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  60.26 
 
 
394 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  56.91 
 
 
381 aa  405  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  57.72 
 
 
381 aa  407  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  55.38 
 
 
427 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  53.23 
 
 
386 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  49.87 
 
 
386 aa  383  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  51.85 
 
 
392 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  49.61 
 
 
385 aa  357  2e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  51.8 
 
 
389 aa  355  7e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  49.09 
 
 
385 aa  348  8e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  49.87 
 
 
393 aa  338  1e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  48.17 
 
 
386 aa  337  2e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  44.13 
 
 
391 aa  336  5e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  48.45 
 
 
385 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  48.45 
 
 
385 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  48.96 
 
 
401 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  48.7 
 
 
385 aa  325  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  47.75 
 
 
392 aa  322  7e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  43.26 
 
 
395 aa  313  5e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  42.82 
 
 
405 aa  308  8e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  44.59 
 
 
395 aa  307  2e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  39.89 
 
 
392 aa  256  5e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  37.47 
 
 
392 aa  247  3e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  40.16 
 
 
379 aa  244  2e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  36.84 
 
 
388 aa  239  8e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  38.08 
 
 
396 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  36.34 
 
 
399 aa  229  6e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  38.35 
 
 
381 aa  219  5e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  30.58 
 
 
392 aa  201  3e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  32.77 
 
 
374 aa  196  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  35.28 
 
 
396 aa  183  5e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  30.08 
 
 
386 aa  180  4e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  33.15 
 
 
377 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  32.6 
 
 
377 aa  174  4e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  32.05 
 
 
377 aa  173  4e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  32.5 
 
 
377 aa  173  6e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  32.22 
 
 
377 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  28.91 
 
 
387 aa  172  1e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  29.65 
 
 
379 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  33.42 
 
 
423 aa  169  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.7 
 
 
377 aa  166  7e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  29.67 
 
 
386 aa  166  7e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.05 
 
 
377 aa  165  1e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  31.99 
 
 
385 aa  164  2e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  7.96428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  29.95 
 
 
369 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  29.95 
 
 
369 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  29.95 
 
 
369 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  32.65 
 
 
367 aa  162  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  30.22 
 
 
369 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  29.2 
 
 
384 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  30.63 
 
 
384 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.2 
 
 
388 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  31.94 
 
 
377 aa  160  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  30.43 
 
 
375 aa  159  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  30.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  30.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  31.84 
 
 
377 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  30.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  30.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  30.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  29.75 
 
 
369 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.46325e-06  normal  0.381908 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  31.42 
 
 
371 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  31.42 
 
 
371 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  34.34 
 
 
400 aa  158  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  31.28 
 
 
377 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.18749e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  31.94 
 
 
371 aa  157  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.64 
 
 
384 aa  156  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  31.18 
 
 
382 aa  155  8e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  29.89 
 
 
375 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  32.68 
 
 
375 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  31.4 
 
 
393 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  30.03 
 
 
368 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  31.2 
 
 
409 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  30.49 
 
 
400 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  30.65 
 
 
388 aa  154  3e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  29.5 
 
 
367 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  31.13 
 
 
374 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  28.12 
 
 
369 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.80385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  30.83 
 
 
373 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.28628e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  30.83 
 
 
373 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>