More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0174 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
310 aa  617  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
310 aa  617  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  87.1 
 
 
310 aa  554  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.06 
 
 
311 aa  504  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.39 
 
 
317 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  79.03 
 
 
317 aa  500  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.32 
 
 
314 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.99 
 
 
314 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.849276  normal  0.673311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.42 
 
 
314 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.32 
 
 
314 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.99 
 
 
346 aa  490  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.06 
 
 
317 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.67 
 
 
316 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_004310  BR1533  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.45 
 
 
310 aa  485  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.77 
 
 
310 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.42 
 
 
331 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.1 
 
 
317 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.06 
 
 
317 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.81 
 
 
310 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1482  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.13 
 
 
328 aa  483  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00949997  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.13 
 
 
310 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.48 
 
 
310 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.77 
 
 
317 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.88 
 
 
311 aa  477  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.48 
 
 
310 aa  479  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.84 
 
 
310 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
317 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.88 
 
 
311 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.97 
 
 
310 aa  455  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0838998  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2438  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.6 
 
 
311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167005  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.35 
 
 
310 aa  448  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1089  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.34 
 
 
326 aa  428  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0671  ribose-phosphate pyrophosphokinase  71.79 
 
 
312 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.84 
 
 
310 aa  411  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.42 
 
 
310 aa  411  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.46 
 
 
339 aa  391  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2301  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  61.01 
 
 
339 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0976  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.01 
 
 
339 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508643  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  61.17 
 
 
312 aa  377  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2199  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.69 
 
 
339 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2385  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.17 
 
 
315 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.90823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.17 
 
 
315 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
340 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.61 
 
 
314 aa  368  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.03 
 
 
314 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
342 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0289  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.03 
 
 
317 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
340 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.29 
 
 
321 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0342  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.49 
 
 
317 aa  364  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.17 
 
 
336 aa  364  1e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.94 
 
 
317 aa  364  1e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.29 
 
 
321 aa  364  1e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
316 aa  363  2e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.84 
 
 
311 aa  362  3e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.276335 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.81 
 
 
316 aa  362  4e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.84 
 
 
316 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.84 
 
 
316 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.81 
 
 
316 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2595  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.03 
 
 
314 aa  361  8e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00599255  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.84 
 
 
316 aa  361  9e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.58 
 
 
314 aa  358  6e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0820  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.16 
 
 
315 aa  358  8e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0240183  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.06 
 
 
318 aa  358  9e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.84 
 
 
318 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  356  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015709  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0283  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.7 
 
 
318 aa  356  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0172  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  356  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093989 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
320 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0527  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.86 
 
 
312 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
320 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.74 
 
 
310 aa  355  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
320 aa  354  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
320 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
320 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.2 
 
 
318 aa  354  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.74 
 
 
318 aa  354  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
310 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
313 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.62 
 
 
316 aa  353  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
310 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
318 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4540  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.93 
 
 
359 aa  353  2e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000021567  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
310 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1104  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
313 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.74 
 
 
317 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.62 
 
 
318 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697734  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0048  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.42 
 
 
317 aa  352  7e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.822435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>